设施农用地不复垦案件的处理需结合土地管理法规、行政执法程序及司法救济途径综合推进，具体处理方式如下：

一、行政处理程序：责令限期改正与行政处罚

1. 自然资源部门调查取证
   根据《土地管理法》第75条，县级自然资源部门需对未复垦行为立案调查，核实土地现状（如是否破坏耕作层、是否改变用途）、复垦义务人（土地使用者或合同约定方）及复垦期限履行情况。需收集土地承包合同、复垦方案、现场勘验笔录等证据。

2. 责令限期改正
   若确认存在未复垦行为，自然资源部门应依据《土地管理法实施条例》第56条，向义务人下达《责令改正违法行为通知书》，明确要求其在6个月内完成复垦（特殊情况可延长，但需经省级政府批准）。逾期未改正的，启动行政处罚程序。

3. 行政处罚措施

   • 罚款：按占用耕地面积处每平方米100元至1000元罚款（《土地管理法》第75条）；
     
   • 代履行：若义务人拒不履行，自然资源部门可委托第三方复垦，费用由义务人承担（《行政强制法》第50条）；
     
   • 列入失信名单：将义务人纳入土地管理领域信用黑名单，限制其后续用地审批。

二、民事救济途径：土地所有权人主张权利

1. 合同纠纷处理
   若土地流转合同中明确约定复垦义务及违约责任（如支付违约金、赔偿损失），土地所有权人（如村集体）可依据《民法典》第577条，向法院提起民事诉讼，要求义务人履行复垦义务或赔偿复垦费用。

2. 侵权责任主张
   若未复垦导致土地永久性损害（如无法耕种），所有权人可依据《民法典》第1229条，主张侵权损害赔偿，赔偿范围包括土地修复费用、预期收益损失等。

三、刑事责任追究：非法占用农用地罪

若未复垦行为伴随非法占用农用地、改变用途（如建房、挖砂），且数量达到刑事立案标准（基本农田5亩以上、其他耕地10亩以上），公安机关应依据《刑法》第342条立案侦查，义务人可能面临5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

四、执行保障措施

1. 申请法院强制执行
   行政处罚决定生效后，自然资源部门可向法院申请强制执行（《行政强制法》第53条），法院可查封、扣押义务人财产或直接划拨资金用于复垦。

2. 生态修复基金垫付
   部分地区设立土地复垦专项基金，若义务人无力复垦，可由基金先行垫付，后续向义务人追偿（《土地复垦条例》第20条）。

建议行动步骤：

1. 立即向当地自然资源部门举报，推动行政调查；
   
2. 收集土地合同、复垦方案等证据，评估损失；
   
3. 根据义务人履行情况，选择行政处罚、民事诉讼或刑事报案路径；
   
4. 跟进执行程序，确保复垦或赔偿到位。
   

如需进一步分析具体案情或协助起草法律文书，可随时向我咨询。