针对您提出的“店铺认证主体发生变更后，起诉谁”的问题，这主要涉及到个体工商户在经营者变更后，债务责任的承担问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，个体工商户在法律上被视为一种特殊的民事主体，其债务责任原则上由经营者个人或家庭财产承担。当个体工商户的经营者发生变更时，债务责任的承担也会相应发生变化。

一、变更前的债务责任

根据《中华人民共和国民法典》第五十六条以及《中华人民共和国市场主体登记管理条例实施细则》第三十八条的规定，个体工商户变更经营者后，前后主体相互独立，原经营期间的债务原则上由原经营者承担。这意味着，如果店铺在变更经营者之前产生了债务，那么债权人应该向原经营者追讨债务。

二、变更后的债务责任

同样地，变更后的经营者只对其经营期间产生的债务负责。如果店铺在变更经营者之后产生了新的债务，那么债权人应该向新的经营者追讨。

三、特殊情况的处理

当然，也存在一些特殊情况，比如债务加入或家庭经营等。在这些情况下，新经营者可能会与原经营者共同承担债务责任。但这种情况需要具体的证据来支持，比如新经营者明确表示愿意加入债务，或者店铺是以家庭经营的形式存在等。

四、诉讼主体的选择

在诉讼过程中，如果店铺有字号，根据《最高人民法院关于适用中华人民共和国民事诉讼法的解释》第五十九条的规定，债权人应以营业执照上登记的字号为当事人，同时注明该字号经营者的基本信息。如果营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致，那么应以登记的经营者和实际经营者为共同诉讼人。

五、实际操作建议

1. 收集证据：在起诉前，务必收集好与债务相关的所有证据，包括合同、欠条、交易记录等。
2. 明确被告：根据债务产生的时间和经营者的变更情况，明确应该起诉的被告是原经营者还是新经营者，或者两者共同作为被告。
3. 咨询专业律师：由于法律问题具有复杂性和专业性，建议在起诉前咨询专业律师，以确保诉讼的顺利进行和权益的最大化保障。

综上所述，当店铺认证主体发生变更时，起诉谁主要取决于债务产生的时间和经营者的变更情况。如果债务产生在变更前，原则上应起诉原经营者；如果债务产生在变更后，则应起诉新经营者。同时，也要考虑是否存在特殊情况以及诉讼主体的选择问题。希望这些解答能对您有所帮助。