结论：邻居盖二层是否遮挡您家南屋合法，需根据具体情况判断，主要涉及相邻权、规划许可及是否构成侵权等法律问题。以下从不同角度为您详细分析：
一、相邻权角度
相邻权的基本原则：
- 根据《民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
- 这意味着，邻居在行使自己不动产权利时，不得损害您的合法权益，包括采光、通风等。
采光权保护：
- 如果邻居盖二层导致您家南屋的采光受到严重影响，可能构成对您采光权的侵害。
- 您有权要求邻居停止侵害、排除妨碍或赔偿损失。
二、规划许可角度
规划许可的必要性：
- 邻居盖二层通常需要获得相关部门的规划许可或建设许可。
- 如果邻居未经许可擅自建设，属于违法行为，您有权向相关部门举报，并要求其停止建设或拆除。
规划许可的审查：
- 即使邻居获得了规划许可，也需要审查该许可是否合法、合规，以及是否充分考虑了对您家的影响。
- 如果规划许可存在瑕疵或未充分考虑您的权益，您可以通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益。
三、侵权责任角度
侵权责任的构成：
- 如果邻居盖二层的行为构成对您合法权益的侵害，且该行为与损害结果之间存在因果关系，邻居可能需要承担侵权责任。
- 侵权责任的形式包括停止侵害、排除妨碍、消除危险、恢复原状、赔偿损失等。
赔偿损失的考量：
- 如果邻居的行为导致您家南屋的价值降低或您因此遭受其他经济损失，您有权要求邻居进行赔偿。
- 赔偿的范围和金额需要根据具体情况进行评估和确定。
四、实际操作建议
与邻居协商：
- 在采取法律行动之前，建议先与邻居进行友好协商，尝试通过沟通解决问题。
- 协商过程中，可以明确表达您的诉求和担忧，并寻求双方都能接受的解决方案。
收集证据：
- 如果协商无果，您需要开始收集相关证据，包括照片、视频、规划许可文件等，以证明邻居的行为构成侵权或违法。
- 证据的收集对于后续的法律行动至关重要。
寻求法律帮助：
- 如果您不确定如何处理这个问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。
- 作为专业律师，我可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
总结：邻居盖二层是否遮挡您家南屋合法，需根据相邻权、规划许可及是否构成侵权等法律问题进行综合判断。在处理此类问题时，建议先与邻居协商，收集相关证据，并在必要时寻求法律帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。