核心结论：工程交付使用但资料不完善时，工程款的支付需结合合同约定、法律规定及实际履行情况综合判断，通常可通过协商、补充资料、分期支付或法律途径解决。以下从不同角度展开分析：

1. 合同约定优先原则

• 条款审查：首先需审查施工合同中关于“工程交付”“资料提交”及“付款条件”的条款。若合同明确约定“资料完善是付款前提”，则发包方有权暂缓支付直至资料补齐；若合同未明确约定或约定模糊，则需结合实际履行情况判断。
• 补充协议：双方可协商签订补充协议，明确资料补交的时间节点及付款安排（如分期支付），避免纠纷升级。

2. 法律对工程款支付的规定

• 《民法典》第799条：建设工程竣工后，发包人应按约定支付价款。若承包人已交付工程且发包人已实际使用，即使资料不完善，发包人原则上仍需支付工程款，但可主张承包人承担资料缺失的违约责任（如扣减部分款项或要求补交资料）。
• 《建设工程质量管理条例》：承包人需按要求提交竣工验收资料，否则可能面临行政处罚。但此规定不影响工程款支付义务，仅涉及违约责任。

3. 实际履行情况的影响

• 发包方已使用工程：若工程已实际投入使用，可视为发包方认可工程质量，此时以“资料不完善”为由拒付全部款项可能被认定为恶意拖欠，承包人可通过诉讼或仲裁主张付款。
• 资料缺失的合理性：若资料缺失因发包方原因导致（如未及时提供设计图纸、变更指令等），发包方无权以此拒付；若因承包人管理不善导致，发包方可要求扣减相应费用或限期补交。

4. 风险防范与解决建议

• 承包人：
  1. 立即整理现有资料，优先提交关键文件（如竣工图、质量合格证明）；
  2. 书面催告发包方支付款项，并明确资料补交的时间表；
  3. 保留工程交付及发包方使用的证据（如照片、视频、移交清单）。
• 发包人：
  1. 核对合同条款，明确自身权利边界；
  2. 要求承包人限期补交资料，并书面告知逾期后果；
  3. 若承包人拒不补交，可委托第三方机构完善资料，费用从工程款中扣除。

5. 争议解决途径

• 协商：优先通过谈判达成付款及补交资料的方案，降低时间成本。
• 调解/仲裁：若合同约定仲裁条款，可申请仲裁；未约定的可向工程所在地建设行政主管部门申请调解。
• 诉讼：作为最后手段，通过法院判决明确付款义务及违约责任。

总结：工程款支付与资料完善是两个独立但关联的义务，资料缺失不必然导致拒付全部款项，但可能引发违约责任。建议双方根据合同及实际履行情况，通过协商或法律途径平衡利益，避免长期僵持。如有具体合同条款或纠纷细节，可进一步向我咨询。