结论：有仲裁案件的公司理论上可以注销，但在实际操作中需严格遵循法律规定，妥善处理仲裁事项，以确保不损害相关方的合法权益。下面我将从多个角度为你详细分析：
一、法律框架与基本原则
根据《市场主体登记管理条例》及《公司法》等相关法律法规，公司只要履行了清算等法定程序，即可向登记机关申请注销登记。仲裁程序的存在并不直接构成公司注销的法律障碍，但公司在注销前必须依法处理所有未了的债权债务，包括尚未解决的仲裁案件。
二、注销过程中涉及仲裁的具体问题及影响
清算义务与责任
- 公司在决定注销时，必须成立清算组进行清算，清理公司的全部债权债务。清算组需特别关注尚未了结的仲裁案件，确保这些案件得到妥善处理。如果公司隐瞒仲裁案件进行注销，清算组成员可能因违法清算而承担法律责任。
- 举例：假设公司A因合同纠纷被另一公司B提起仲裁，而在仲裁过程中，公司A决定注销。此时，公司A必须成立清算组，并在清算过程中将仲裁案件作为未了结的债权债务进行妥善处理，否则清算组成员可能面临法律责任。
仲裁权利义务的承继
- 公司注销后，其法人资格消灭，原本参加仲裁的主体不复存在。若公司在注销前未妥善处理仲裁事项，可能导致仲裁程序无法正常进行，进而影响相关方的合法权益。
- 在某些特殊情况下，如仲裁案件涉及公司未清偿的债务，债权人有权要求公司的股东、发起人或出资人在未依法清算的范围内承担清偿责任。此时，仲裁程序可能会将相关责任主体变更为这些承继者继续进行。
- 举例：继续上述公司A的例子，如果公司A在注销前未妥善处理与B公司的仲裁案件，导致仲裁程序无法进行。B公司作为债权人，有权要求公司A的股东在未依法清算的范围内承担清偿责任，此时仲裁程序可能会将公司A的股东列为被申请人继续进行。
不同情况下的处理方式
- 如果公司作为被申请人，有尚未解决的仲裁案件且涉及财产纠纷，需在注销前先行处理这些纠纷，确保不损害其他人的合法权益。
- 如果公司主动提起仲裁维权或追债，则注销不受此影响，但仍需依法进行清算和注销程序。
三、操作建议与风险提示
- 建议：为避免法律风险和纠纷，公司最好在仲裁案件处理完毕后再进行注销。这样可以直接避免因仲裁案件未了结而可能引发的法律责任和纠纷。
- 通知与公告：如果公司确实需要在仲裁期间注销，应当及时通知仲裁机构和对方当事人，并按照法律规定进行公告，确保各方知悉并有机会提出异议。这是保护各方合法权益的重要步骤。
- 合规操作：注销公司时，必须严格按照《公司法》等法律法规的要求进行操作，包括通知债权人、进行公告、成立清算组等步骤，以确保注销程序的合法性和有效性。任何违规操作都可能导致法律责任和纠纷。
总结与进一步思考：有仲裁案件的公司在注销时需谨慎行事，确保遵守相关法律法规，妥善处理仲裁事项。如果你或你的公司正面临类似情况，或者有任何关于工伤赔偿、刑事辩护领域的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。