结论：有仲裁案件的公司理论上可以注销，但在实际操作中需严格遵循法律规定，妥善处理仲裁事项，以确保不损害相关方的合法权益。下面我从几个关键角度为你详细分析：

一、法律框架与基本原则

根据《市场主体登记管理条例》及《公司法》等相关法律法规，公司只要履行了清算等法定程序，即可向登记机关申请注销登记。仲裁程序的存在并不直接构成公司注销的法律障碍，但公司在注销前必须依法处理所有未了的债权债务，这自然包括尚未解决的仲裁案件。

二、注销过程中涉及仲裁的具体问题及影响

1. 清算义务与责任

   • 公司在决定注销时，必须成立清算组进行清算，清理公司的全部债权债务。清算组需特别关注尚未了结的仲裁案件，确保这些案件得到妥善处理。
   • 如果公司隐瞒仲裁案件进行注销，清算组成员可能因违法清算而承担法律责任，如赔偿因此给债权人造成的损失等。

2. 仲裁权利义务的承继

   • 公司注销后，其法人资格消灭，原本参加仲裁的主体不复存在。若公司在注销前未妥善处理仲裁事项，可能导致仲裁程序无法正常进行，进而影响相关方的合法权益。
   • 在某些特殊情况下，如仲裁案件涉及公司未清偿的债务，债权人有权要求公司的股东、发起人或出资人在未依法清算的范围内承担清偿责任。此时，仲裁程序可能会将相关责任主体变更为这些承继者继续进行。

3. 不同情况下的处理方式

   • 如果公司作为被申请人，有尚未解决的仲裁案件且涉及财产纠纷，需在注销前先行处理这些纠纷，确保不损害其他人的合法权益。这可能包括与申请人达成和解、履行仲裁裁决等。
   • 如果公司主动提起仲裁维权或追债，则注销不受此影响，但仍需依法进行清算和注销程序。在清算过程中，公司应确保仲裁请求得到妥善处理，如继续推进仲裁程序、执行仲裁裁决等。

三、操作建议与风险提示

• 建议：为避免法律风险和纠纷，公司最好在仲裁案件处理完毕后再进行注销。这样可以直接避免因仲裁案件未了结而可能引发的法律责任和纠纷。
• 通知与公告：如果公司确实需要在仲裁期间注销，应当及时通知仲裁机构和对方当事人，并按照法律规定进行公告。这可以确保各方知悉并有机会提出异议，从而维护各方的合法权益。
• 合规操作：注销公司时，必须严格按照《公司法》等法律法规的要求进行操作，包括通知债权人、进行公告、成立清算组等步骤。这些步骤是确保注销程序合法性和有效性的关键，也是保护公司自身和债权人权益的重要措施。

总结与进一步建议：

有仲裁案件的公司在注销时需谨慎行事，确保遵守相关法律法规，妥善处理仲裁事项。如果你或你的公司正面临这样的问题，建议咨询专业律师（即我本人，杨启浩律师，专注于劳动纠纷、法律顾问领域），以便根据具体情况制定合适的策略。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。