在职职工完全可以仲裁公司来维护自身合法权益。只要职工认为自己与用人单位之间存在劳动争议，且该争议属于法律规定的劳动仲裁范围，就可以依法向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。

一、法律依据与适用范围

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，该法适用于中华人民共和国境内的用人单位与劳动者之间因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同、劳动报酬、工伤医疗费等发生的多种劳动争议。具体来说，以下争议类型均可以申请劳动仲裁：

1. 确认劳动关系争议：如职工与用人单位之间是否存在劳动关系存在争议。
2. 劳动合同争议：包括劳动合同的订立、履行、变更、解除和终止过程中的争议。
3. 除名、辞退、辞职、离职争议：如职工被用人单位除名、辞退，或职工主动辞职、离职等引发的争议。
4. 工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训、劳动保护争议：如职工对工作时间、休息休假安排不满，或用人单位未依法为职工缴纳社会保险等。
5. 劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或赔偿金争议：如用人单位未按时足额支付工资、加班费，或职工因工伤需要医疗费用赔偿等。

二、申请劳动仲裁的条件与准备

1. 争议性质：必须属于上述劳动争议范畴。
2. 管辖权：应向具有管辖权的劳动争议仲裁委员会提出申请，通常由劳动合同履行地或用人单位所在地管辖。
3. 时效要求：一般情况下，申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。但需注意，对于拖欠劳动报酬的争议，劳动者申请仲裁不受此时效期间的限制。
4. 证据材料：准备好劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等相关证据，以证明劳动关系及争议事实。
5. 申请形式与内容：需提交书面仲裁申请，详细载明双方基本信息、仲裁请求、事实理由、证据及来源等，并按被申请人人数提交副本。

三、申请劳动仲裁的流程

1. 提交申请：携带仲裁申请书、申请人身份证复印件、相关证据复印件及清单、用人单位的工商登记信息等材料，前往当地人力资源和社会保障局内的劳动争议仲裁委申请立案。
2. 立案与举证：仲裁委会在5个工作日内给予立案，并设定举证期和答辩期，双方需在此期间内提交证据和进行答辩。
3. 开庭审理与调解：仲裁委会安排开庭审理，并对双方进行调解。若调解不成，将下达裁决书。
4. 裁决与执行：劳动仲裁一般60天内结案。对裁决书不服的一方，可在收到之日起15天内向人民法院提起诉讼。用人单位应按规定期限履行裁决，逾期未履行的，劳动者可向法院申请强制执行。

四、注意事项与建议

1. 证据准备充分：确保提交的证据真实、有效，能够充分支持自己的主张。
2. 继续履行合同义务：在申请劳动仲裁期间，职工仍需继续履行劳动合同约定的义务，避免损害用人单位的合法权益。
3. 合理安排时间：合理安排工作与仲裁事宜的时间，确保两者不冲突，同时保持良好的工作态度和职业形象。
4. 了解法律程序：熟悉劳动仲裁的法律程序和规定，以便更好地维护自己的权益。

举例说明：假设某职工因用人单位未按时足额支付工资而申请劳动仲裁。该职工应准备好劳动合同、工资支付记录等证据，向具有管辖权的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请。仲裁委会在立案后，会安排开庭审理，并根据双方提供的证据和事实理由进行裁决。如果裁决支持职工的请求，用人单位应按规定期限履行裁决，支付拖欠的工资。

总之，在职职工在面临劳动争议时，应勇敢站出来申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。