针对施工单位未报验自行施工的情况，结合工程法律实务及行业规范，处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若合同明确约定报验程序及违约责任

   • 核心依据：根据《民法典》第509条，当事人应按约定全面履行义务。若施工合同中明确约定“隐蔽工程/关键工序需经监理/建设单位验收合格后方可继续施工”，且约定了未报验的违约责任（如停工整改、赔偿损失、扣除工程款等），则建设单位可直接依据合同条款主张权利。
     
   • 处理步骤：
     
     1. 书面通知施工单位立即停工，固定未报验的证据（如现场照片、监理日志、施工记录等）；
        
     2. 要求施工单位在限期内补报验收，并承担因擅自施工导致的质量隐患整改费用；
        
     3. 若施工单位拒绝整改，可依据合同约定扣除工程款或委托第三方检测，费用由施工单位承担；
        
     4. 严重情况下可解除合同并索赔（如擅自施工导致工程无法通过竣工验收）。

2. 若合同未明确约定报验程序，但属于法定强制验收范围

   • 核心依据：根据《建设工程质量管理条例》第17条，涉及结构安全的试块、试件及材料，施工单位应在建设单位或监理单位监督下现场取样并送检；《建筑工程施工质量验收统一标准》（GB50300）亦规定隐蔽工程需验收合格后方可隐蔽。
     
   • 处理步骤：
     
     1. 向施工单位发出书面整改通知，要求其立即停止擅自施工行为，并限期补办验收手续；
        
     2. 若施工单位拒不配合，可向当地建设行政主管部门（如住建局）举报，由主管部门责令停工整改并处罚款（依据《建设工程质量管理条例》第65条，可处10万-20万元罚款）；
        
     3. 若擅自施工部分存在质量问题，可要求施工单位无条件返工，并承担由此增加的费用和工期延误责任。

3. 若施工单位已自行施工但质量合格

   • 核心原则：法律不保护“程序瑕疵但实体合法”的行为，但需平衡效率与公平。
     
   • 处理建议：
     
     1. 仍应要求施工单位补办验收手续，完善程序合规性；
        
     2. 若建设单位已实际使用该部分工程，可视为对质量的认可，但施工单位仍需承担未报验的行政责任（如主管部门处罚）；
        
     3. 为避免后续纠纷，建议双方签订补充协议，明确质量责任划分及程序瑕疵的豁免条款。

风险提示：

• 建设单位若未及时制止擅自施工行为，可能被认定为“默许”而承担部分责任；
  
• 施工单位擅自施工导致事故的，可能涉及刑事责任（如《刑法》第137条工程重大安全事故罪）。

建议行动：

1. 立即固定证据（施工记录、监理日志、沟通函件等）；
   
2. 根据合同约定和法律规定，选择书面整改、行政举报或合同索赔等途径；
   
3. 复杂情况下可委托第三方检测机构对已施工部分进行质量鉴定，作为后续主张的依据。
   

如有具体合同条款或施工细节需要分析，可直接向我提供材料，我会进一步结合实务给出操作方案。