政府入库收取保证金是否合法，需根据具体情况及法律法规进行综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法性的一般判断
法律依据：
- 政府收取保证金通常需要有明确的法律依据，如法律、行政法规或地方性法规的授权。若缺乏明确的法律依据，政府擅自收取保证金可能构成违法。
目的与用途：
- 保证金收取的目的应当合法、合理，且用于特定的公共目的或管理需要。例如，在招投标活动中，投标保证金用于确保投标人履行投标义务；在行政许可中，履约保证金可能用于确保申请人履行相关承诺。若保证金收取的目的不明确或用途不合法，则可能构成违法。
程序合规性：
- 政府收取保证金应当遵循法定程序，包括但不限于公告、通知、收取、管理、退还等环节。若程序不合法或存在瑕疵，也可能影响保证金的合法性。
二、具体情境下的合法性分析
招投标活动中的投标保证金：
- 在招投标活动中，政府或招标人通常要求投标人缴纳投标保证金，以确保投标人履行投标义务。这种保证金收取是合法的，但需遵循《招标投标法》等相关法律法规的规定，如保证金金额不得超过招标项目估算价的2%，且应在招标文件明确规定。
行政许可中的履约保证金：
- 在某些行政许可中，政府可能要求申请人缴纳履约保证金，以确保申请人履行相关承诺。这种保证金收取的合法性取决于具体法律法规的授权以及程序合规性。若法律法规明确规定且程序合法，则收取履约保证金是合法的。
其他情境下的保证金：
- 对于政府在其他情境下收取的保证金，如市场准入保证金、环保保证金等，其合法性需根据具体法律法规进行判断。若缺乏明确的法律依据或程序不合法，则可能构成违法。
三、违法收取保证金的法律后果
行政责任：
- 若政府违法收取保证金，可能面临行政责任，如被责令退还保证金、被处以罚款等。
民事责任：
- 违法收取保证金还可能引发民事责任，如因保证金收取导致相对人损失的，政府需承担赔偿责任。
刑事责任：
- 在极端情况下，若政府工作人员利用职权违法收取保证金并谋取私利，可能构成犯罪，如贪污罪、受贿罪等。
四、建议与措施
核实法律依据：
- 在面对政府收取保证金时，应首先核实其是否有明确的法律依据。若缺乏法律依据，可拒绝缴纳并向上级部门或相关机构投诉。
了解程序合规性：
- 了解保证金收取的程序是否合法合规，包括公告、通知、收取、管理、退还等环节。若程序存在瑕疵或违法，可提出异议并要求纠正。
寻求法律援助：
- 若因政府违法收取保证金导致损失或权益受损，可寻求法律援助或提起诉讼以维护自身合法权益。
如有具体情境或疑问，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律分析和建议。