关于“迟到15分钟扣了全勤是否合法”的问题，结论如下：
- 若公司规章制度合法且员工已知悉并同意，迟到15分钟扣全勤通常合法。
- 若公司规章制度不合法或员工不知悉、不同意，迟到15分钟扣全勤则可能构成违法行为。
详细分析：
公司规章制度与劳动合同的合法性：
- 公司有权在规章制度中设定考勤管理等行为规范，但这些规定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示或告知。只有这样，规章制度才具备法律效力。若公司规章制度中明确规定了迟到将扣除全勤奖，并且该规定已经过法定的民主程序制定和公示，员工也已知悉并同意，那么公司按照约定执行是合法的。
- 劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的重要文件。如果劳动合同中明确规定了迟到将扣除全勤奖或相应工资，并且员工已签署同意，那么公司按照劳动合同执行也是合法的。
法律法规的遵循：
- 根据《中华人民共和国劳动法》等法律法规，员工的工资应当按时足额支付，不得无故克扣或拖欠。因此，公司扣除全勤奖必须有合法依据，即必须基于合法的规章制度或劳动合同约定。
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费等。如果规章制度中的扣除全勤奖规定违反了这些强制性规定，那么即使规章制度中有相关规定，也可能因违法而无效。
规章制度的合理性与公平性：
- 公司在设置全勤奖及相应的扣除规则时，应确保其合理性和公平性。例如，全勤奖的金额不应过高，占工资的比例应适中，避免因一次迟到就导致员工工资收入大幅减少。对于迟到15分钟就扣除全勤奖的规定，如果全勤奖金额较高，可能会被认为是不合理的。
- 同时，公司应设置合理的迟到次数和时长限制，以及相应的处罚措施。例如，可以规定一个月内迟到次数不超过一定次数或迟到时长不超过一定时间，否则将扣除全勤奖。这样的规定既体现了对员工的约束，也体现了对员工的公平对待。
员工权益的保障：
- 如果员工认为公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理，可以与公司进行协商解决。在协商过程中，员工可以提出自己的意见和理由，要求公司重新考虑扣除全勤奖的决定。
- 协商不成的情况下，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动监察部门或劳动仲裁机构将会对公司的行为进行调查和裁决，确保员工的权益得到保障。
实践建议：
- 对于公司而言，在制定或修改规章制度时，应确保遵循民主程序和公示要求，并充分考虑员工的意见和建议。同时，规章制度中的扣除全勤奖规定应合理合法，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。
- 对于员工而言，应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的权利和义务。如果认为公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理，应及时与公司进行协商或向相关部门投诉申请仲裁。
举例说明：
假设某公司规章制度中明确规定：“员工每月迟到超过3次或每次迟到超过15分钟，将扣除当月全勤奖。”同时，该规定已经过职工代表大会讨论通过并向员工公示。如果某员工一个月内迟到了4次，且其中有一次迟到了20分钟，那么公司按照规章制度扣除该员工的全勤奖是合法的。但如果该员工只是迟到了一次且迟到时间为15分钟，公司就扣除其全勤奖，则可能构成违法行为，因为规章制度中规定的是“迟到超过3次或每次迟到超过15分钟”才扣除全勤奖。