公司已发补贴追回是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、补贴性质与发放依据
补贴性质：
- 若补贴属于公司福利性质，如节日慰问金、交通补贴等，且公司规章制度或劳动合同中未明确约定追回条件，则公司一般无权追回。
- 若补贴属于工资性收入的一部分，如绩效奖金、提成等，且已实际发放至员工账户，公司同样无权随意追回，除非存在法定或约定的扣除情形。
发放依据：
- 公司发放补贴应有明确的规章制度或劳动合同约定作为依据。若发放时未明确约定追回条件，事后单方面追回可能缺乏法律依据。
二、追回的合法情形
员工过错：
- 若员工因故意或重大过失导致公司损失，且该损失与补贴发放有直接关联，公司可能根据规章制度或劳动合同约定，要求员工赔偿损失并追回部分或全部补贴。
- 例如，员工因违规操作导致公司遭受经济损失，公司可依据内部规定追回已发放的绩效奖金。
法定情形：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，公司可在特定情形下扣除员工工资，如代扣代缴个人所得税、社会保险费等。但这些扣除情形通常不包括已发放的补贴，除非补贴本身属于工资性收入且符合扣除条件。
- 若补贴属于工资性收入且员工存在未履行劳动义务等情形（如旷工、迟到早退等），公司可能根据规章制度扣除相应工资，但需确保扣除金额不超过法定限额且符合程序要求。
约定情形：
- 若公司规章制度或劳动合同中明确约定了补贴的追回条件（如员工离职时需退还部分补贴），且该约定不违反法律法规强制性规定，公司可依据约定追回补贴。
三、追回的程序要求
合法程序：
- 公司追回补贴应遵循合法程序，如与员工协商、发出书面通知等。不得采取非法手段（如威胁、恐吓、私自扣款等）追回补贴。
证据保留：
- 公司应保留相关证据以证明追回补贴的合法性，如员工过错证据、规章制度依据、劳动合同约定等。
四、法律建议
对于公司：
- 在发放补贴前，应明确补贴性质、发放依据及追回条件，并在规章制度或劳动合同中予以明确约定。
- 追回补贴时，应确保符合法定或约定条件，并遵循合法程序。
对于员工：
- 若公司要求追回补贴，员工应首先了解补贴性质、发放依据及追回条件。
- 如认为公司追回行为不合法或不合理，可与公司协商解决；协商无果的，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结来说，公司已发补贴追回是否合法取决于补贴性质、发放依据、追回条件及程序要求等多个因素。如有具体疑问或需要进一步法律帮助，请直接向我咨询。