同一个公司的两笔工程款原则上不能混为一谈，以下从不同角度进行分析：

1. 合同独立性原则：

   • 每一笔工程款通常都是基于一个独立的合同或合同条款产生的。合同是双方意思表示一致的产物，具有相对性和独立性。因此，不同合同项下的工程款应当分别计算和支付，不能随意合并或混淆。

2. 财务与会计处理：

   • 从财务和会计的角度来看，每一笔工程款都需要单独记账和核算，以确保财务信息的准确性和透明度。如果将两笔工程款混为一谈，可能会导致财务记录混乱，难以准确反映公司的财务状况和经营成果。

3. 法律责任与风险：

   • 如果将两笔工程款混为一谈，可能会引发法律责任和风险。例如，如果其中一笔工程款存在争议或纠纷，而另一笔工程款已经被支付或确认无误，那么将两者合并处理可能会使得原本清晰的法律关系变得复杂化，增加解决纠纷的难度和成本。

4. 实际操作中的建议：

   • 在实际操作中，建议公司对每一笔工程款都进行单独的管理和核算，包括签订独立的合同、开具独立的发票、进行独立的支付和收款等。这样不仅可以确保财务信息的准确性和透明度，还可以降低法律责任和风险。
   • 如果确实存在需要将两笔工程款合并处理的情况（例如，由于合同变更或补充协议等原因），那么应当确保这种合并处理是合法、合规且经过双方充分协商和确认的。同时，还需要在财务和会计记录中明确标注这种合并处理的原因和依据，以便后续审计和查询。

特殊情况说明：

• 如果两笔工程款是基于同一个合同的不同部分或阶段产生的，且合同中明确规定了可以合并计算和支付的情况，那么在这种情况下可以将两笔工程款视为一个整体进行处理。但即便如此，也需要在财务和会计记录中明确区分不同部分或阶段的工程款金额和支付情况。

综上所述，同一个公司的两笔工程款在原则上不能混为一谈。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。