结论：公司仍收取挂靠费，可能涉及多种原因，包括但不限于合同约定、公司内部政策、行业惯例或是对政策理解的差异等。以下是对此问题的详细分析：
合同约定：
- 如果公司与挂靠方之间签订了挂靠合同，并且合同中明确规定了挂靠费的支付条款，那么即使国家政策有所调整，公司仍有权依据合同约定收取挂靠费。合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力，双方应遵守合同约定。
公司内部政策：
- 公司可能出于自身经营管理的需要，制定了收取挂靠费的内部政策。这种政策可能是为了弥补公司因提供挂靠服务而产生的成本，或者是为了获取一定的经济利益。即使国家政策有所变化，公司也可能根据内部政策继续收取挂靠费。
行业惯例：
- 在某些行业中，收取挂靠费可能是一种普遍存在的行业惯例。这种惯例可能源于历史原因、行业特点或市场竞争等因素。即使国家政策有所调整，行业内的公司也可能继续遵循这种惯例收取挂靠费。
对政策理解的差异：
- 国家政策的变化可能涉及多个方面，且政策的具体内容和实施细节可能因地区、行业等因素而有所不同。公司可能对国家政策的理解存在差异，认为某些情况下仍可以收取挂靠费。此外，政策的实施和监管也可能存在滞后性，导致公司在一段时间内仍继续收取挂靠费。
法律建议：
- 审查合同：如果挂靠方对收取挂靠费有异议，首先应审查挂靠合同中的相关条款，了解双方的权利和义务。
- 沟通协商：与挂靠公司进行沟通协商，了解公司收取挂靠费的具体原因和依据，尝试达成共识或解决方案。
- 寻求法律帮助：如果沟通协商无果，挂靠方可以寻求法律帮助，咨询专业律师（如我）的意见，了解自身权益和可能的法律途径。
可能的法律后果：
- 如果公司收取挂靠费的行为违反了国家法律法规或合同约定，挂靠方有权要求公司停止收取并退还已收取的挂靠费。
- 如果公司坚持收取挂靠费且挂靠方拒绝支付，双方可能因此产生纠纷。在纠纷解决过程中，法院或仲裁机构将根据合同约定、法律法规以及行业惯例等因素进行综合判断，并作出相应的裁决。
进一步思考：
- 挂靠方在签订挂靠合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于挂靠费的支付条款，确保自身权益不受侵害。
- 公司应密切关注国家政策的变化，及时调整内部政策和经营策略，以避免因政策变化而引发的法律风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。