在司法实践中，对于同时发现的两个违法行为能否合并立案，需根据违法行为的性质、法律关系以及相关法律法规的具体规定来综合判断，一般情况下，若两个违法行为存在关联性或属于同一法律事实引发的，可以合并立案。以下从不同角度进行详细分析：
一、从违法行为的性质与关联性角度
同一法律事实引发的多个违法行为：
- 若两个违法行为是基于同一法律事实或同一行为主体在同一时间、地点实施的，且这些行为之间存在紧密的关联性，如一个行为同时违反了多个法律条款，或者多个行为相互依存、互为条件，那么这些违法行为通常可以合并立案。
- 例子：某人同时实施了盗窃和故意毁坏财物的行为，且这两个行为是在同一时间、地点针对同一对象实施的，那么这两个违法行为就可以合并立案，因为它们都是基于同一法律事实（即该人的犯罪行为）引发的。
无直接关联的多个违法行为：
- 若两个违法行为之间无直接关联，如分别发生在不同时间、地点，且针对不同对象，那么这些违法行为通常不能合并立案，而应分别立案处理。
- 例子：某人在不同时间、地点分别实施了盗窃和诈骗的行为，且这两个行为之间无直接关联，那么这两个违法行为就应分别立案，因为它们是基于不同的法律事实引发的。
二、从法律法规的具体规定角度
法律法规明确规定可以合并立案的：
- 某些法律法规可能明确规定，对于特定类型的多个违法行为可以合并立案。在这种情况下，应直接依据相关法律法规的规定进行合并立案。
- 例子：在环境保护领域，若某企业同时存在超标排放污染物和未按规定安装污染防治设施的违法行为，且相关法律法规明确规定这两种行为可以合并立案处理，那么环保部门就可以依法合并立案。
法律法规未明确规定但符合合并立案条件的：
- 若法律法规未明确规定多个违法行为是否可以合并立案，但根据违法行为的性质、关联性以及司法实践中的通常做法，认为符合合并立案条件的，也可以合并立案。
- 例子：在交通管理领域，若某人同时存在无证驾驶和酒后驾驶的违法行为，虽然相关法律法规可能未明确规定这两种行为可以合并立案，但根据违法行为的严重性和关联性，以及司法实践中的通常做法，交通管理部门可以依法合并立案处理。
三、从司法实践的角度
在司法实践中，合并立案通常有助于提高办案效率、节约司法资源，并确保对违法行为的全面、公正处理。然而，合并立案也需严格遵循法定程序和原则，确保不损害当事人的合法权益。因此，在决定是否合并立案时，应综合考虑违法行为的性质、关联性、法律法规的具体规定以及司法实践中的通常做法等因素。
建议：若您面临同时发现的两个违法行为是否可以合并立案的问题，建议首先咨询相关执法部门或司法机关，了解具体案件情况和相关法律法规的规定。同时，您也可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况和相关法律法规的规定，为您提供专业的法律意见和建议。