关于毕业协议书是否可以盖人力资源章的问题，这主要取决于用人单位的具体要求和规定。不过，根据我所了解的一般情况和相关流程，我可以给您提供一些参考信息。

首先，毕业协议书，也被称为就业协议书，是毕业生与用人单位在确立劳动关系前，双方就未来就业意向达成的一种书面协议。这份协议对于毕业生和用人单位双方都具有重要的法律意义，因此盖章环节需要特别谨慎。

在大多数情况下，用人单位在毕业协议书上盖章，是为了确认协议的真实性和有效性。这个章可以是用人单位的公章，也可以是单位人力资源部的印章。具体使用哪种章，往往取决于用人单位的内部规定和流程。

针对您的问题，如果用人单位允许或要求使用人力资源部的印章来盖章毕业协议书，那么这是完全可行的。实际上，在您提供的参考信息中，也明确提到了“高校毕业生需持已与用人单位签订好的就业协议书一式三份(用人单位盖公章或单位人力资源部的印章)”，这说明在商丘市的相关流程中，人力资源部的印章是被接受的。

当然，为了确保协议的合法性和有效性，我建议您在盖章前与用人单位进行充分沟通，确认他们对于盖章的具体要求和规定。同时，您也可以咨询学校就业指导中心或相关法律人士，以获取更专业、更具体的建议。

最后，我想强调的是，无论使用哪种章来盖章毕业协议书，都需要确保盖章的真实性和合法性。避免使用假章或无效章，以免给自己和用人单位带来不必要的法律风险和麻烦。