预付款与违约金的计算需分情况讨论，核心结论取决于合同约定及违约情形，具体如下：

1. 若合同明确约定预付款性质及违约金计算方式
   需严格按合同条款执行。例如：合同约定“预付款为总价20%，买方违约需支付合同总价10%的违约金”，则违约金按总价10%计算，与预付款是否退还无关（除非合同另有约定）。
   关键点：违约金与预付款是独立条款，除非合同明确将预付款转化为定金或违约金的一部分，否则二者不直接抵扣或叠加。

2. 若合同未明确约定违约金，但约定了预付款的退还规则
   需根据违约方身份区分处理：

   • 支付方违约：若合同约定“预付款不退还”，则支付方可能丧失预付款，但对方无权额外主张违约金（除非能证明实际损失超过预付款金额）；
     
   • 接收方违约：需退还预付款，并可能需赔偿对方实际损失（如对方已为履行合同支出的合理费用）。
     关键点：未约定违约金时，违约赔偿以“填平损失”为原则，需举证实际损失金额。

3. 若合同将预付款约定为“定金”
   则适用《民法典》定金罚则：

   • 支付方违约：无权要求返还定金；
     
   • 接收方违约：需双倍返还定金。
     关键点：定金金额不得超过合同总价的20%，超出部分不产生定金效力，可能被认定为预付款。

实务建议：

• 签订合同时，务必明确预付款的性质（是预付款、定金还是诚意金）及违约金计算方式（如按比例、固定金额或实际损失）；
  
• 若发生纠纷，需保留合同、付款凭证、沟通记录等证据，以证明违约事实及损失金额；
  
• 违约金过高或过低时，可依据《民法典》第585条请求法院调整（通常以实际损失的30%为参考上限）。
  

如有具体合同条款或纠纷场景，可进一步提供细节，我会结合法律条文为您详细分析。