结论前置：
- 即使因违反公司规定被开除，员工仍有权获得已工作期间的工资。
- 若员工的违纪行为给公司造成经济损失，公司有权依法从工资中扣除相应赔偿，但扣除部分需符合法律规定。
详细分析：
一、工资支付的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第九条，工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，用人单位有义务按月以货币形式支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。这一原则同样适用于员工因违反公司规定被开除的情况。无论离职原因如何，只要员工提供了正常劳动，公司就应支付相应的工资。
二、特殊情况下的工资扣除
经济损失赔偿：
- 若员工的违纪行为导致公司经济损失，公司有权依据劳动合同的约定或公司规章制度要求员工赔偿。
- 赔偿款的扣除需遵循法律规定：每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 示例：假设员工月工资为5000元，因违纪给公司造成损失，公司可每月最多扣除1000元作为赔偿，且扣除后员工剩余工资不得低于当地最低工资标准（如2000元）。
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 公司虽有内部规定和劳动合同的约定来处理工资问题，但这些规定必须符合当地的劳动法律法规，不能侵犯员工的合法权益。
- 若公司规定或合同约定与法律法规相冲突，应以法律法规为准。例如，公司不能规定因违纪开除就完全不支付工资，这样的规定是无效的。
三、维权途径
如员工认为公司在处理工资问题时存在不合法或不合理的行为，可通过以下途径维护自己的权益：
与公司协商：
- 首先尝试与公司进行友好沟通，要求支付应得的工资或解释扣除工资的依据。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动监察部门将责令公司限期支付工资或纠正不合理的扣除行为。
申请劳动仲裁：
- 如对劳动监察部门的处理结果不满，或公司拒绝执行劳动监察部门的决定，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 仲裁时效：一般为一年，从当事人知晓或理应知晓自身权利被侵害之日起算。
提起诉讼：
- 对仲裁结果不服的员工，还可依法向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
总结与建议：
员工因违反公司规定被开除时，公司仍有义务支付其已提供劳动部分的工资。但在特定情况下，如员工给公司造成经济损失且有合法约定，公司可从工资中合理扣除相应赔偿。员工应了解自己的权益和维权途径，确保在遭遇不公时能够及时有效地维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。