结论前置：针对员工在超市里总是偷东西的问题，需根据具体情况从民事、行政、刑事三个层面进行综合处理，同时超市应加强内部管理和预防教育。
一、民事处理方式
内部纪律处分：
- 超市应依据内部规章制度，对偷窃员工进行严肃处理，包括但不限于警告、记过、降职、扣减奖金等纪律处分。这些措施旨在维护超市的秩序和纪律，同时对其他员工起到警示作用。
要求返还财物与损失赔偿：
- 超市有权要求偷窃员工返还所偷物品或钱款。若员工拒绝返还，超市可通过民事诉讼提起不当得利之诉，要求员工返还财物并主张因偷窃行为造成的损失赔偿。
二、行政处理方式
- 报警处理：
- 若偷窃行为符合《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，超市应及时报警。根据该法第四十九条，盗窃公私财物的，可处五日以上十日以下拘留，并可并处五百元以下罚款；情节较重的，处十日以上十五日以下拘留，并可并处一千元以下罚款。
- 超市需向公安机关陈述事件经过，并提供相关证据，如监控录像、交易记录等，以便公安机关依法进行调查和处理。
三、刑事处理方式
- 刑事立案与量刑：
- 当偷窃行为达到一定数额或符合其他法定条件时，可能构成盗窃罪，将面临刑事处罚。根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条，盗窃公私财物数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
- 超市应向公安机关报案，公安机关将进行立案侦查、收集证据，并将案件移送检察机关审查起诉。检察机关认为符合起诉条件的，将向法院提起公诉，由法院进行审判。
四、预防与教育措施
完善管理制度：
- 超市应建立健全的防盗制度和内部控制机制，明确员工职责和权限，加强对商品和钱款的管理和监督。
法制教育与职业培训：
- 超市应定期对员工进行法制教育和职业培训，增强员工的法律观念和职业操守，提高员工对偷窃行为的认识和警惕性。
加强安保措施：
- 超市应增加监控设备、加强巡逻等安保措施，提高安全防范能力，及时发现和制止偷窃行为。
进一步说明：在处理员工偷窃问题时，超市应确保事实清楚、证据确凿，避免误判或冤枉员工。同时，超市应依法处理偷窃行为，既要维护自身权益，也要尊重员工的合法权益。若超市在处理过程中遇到法律难题或需要进一步的法律建议，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。