结论：违法建筑被区政府撤销行政许可，且法院确认审批违法后，下一步是否注销需视具体情况而定，但通常情况下，注销是可能的后续步骤之一。以下从不同角度进行分析：

一、行政许可撤销与审批违法的法律后果

1. 行政许可的撤销：根据《中华人民共和国行政许可法》第六十九条的规定，对不符合法定条件的申请人准予行政许可的，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关，根据利害关系人的请求或者依据职权，可以撤销行政许可。这意味着，如果违法建筑原本就不应获得行政许可，那么撤销该许可是合法的行政行为。

2. 审批违法的确认：法院确认审批违法，实际上是对行政机关作出行政许可行为的合法性进行了否定性评价。这通常意味着行政机关在审批过程中存在违法行为，如违反法定程序、超越职权、滥用职权等。

二、注销的法律依据与可能性

1. 注销的法律依据：虽然《中华人民共和国行政许可法》并未直接规定审批违法后必须注销行政许可，但注销作为一种行政行为，通常用于终止行政许可的法律效力。在行政许可被撤销且审批违法的情况下，注销行政许可可以视为对原行政许可行为的彻底纠正。

2. 注销的可能性：在违法建筑被撤销行政许可且法院确认审批违法的情况下，注销行政许可的可能性较大。因为此时行政许可的合法性已经受到质疑，且行政机关有义务纠正其违法行为。注销行政许可可以确保违法建筑不再享有任何基于原行政许可的权益，从而维护公共利益和法律秩序。

三、注销的具体流程与注意事项

1. 注销流程：注销行政许可通常需要由作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关进行。在注销前，行政机关应当进行调查核实，确保注销的合法性和合理性。注销决定应当以书面形式作出，并告知当事人注销的理由和依据。

2. 注意事项：

   • 当事人权益保护：在注销过程中，行政机关应当充分保障当事人的合法权益，如听取当事人的陈述和申辩、提供救济途径等。
   • 法律程序遵循：注销行政许可必须遵循法定程序，如通知、听证、决定等。行政机关不得擅自简化或省略程序步骤。
   • 后续监管与执法：注销行政许可后，行政机关应当加强对违法建筑的后续监管和执法力度，确保违法建筑得到及时拆除或整改。

四、其他可能的后续步骤

除了注销行政许可外，行政机关还可能采取其他措施来纠正违法行为和恢复公共利益，如：

1. 责令拆除或整改：对于违法建筑，行政机关可以责令当事人自行拆除或整改。如果当事人不履行义务，行政机关可以依法强制执行。

2. 行政处罚：对于违法行为人，行政机关可以依法给予行政处罚，如罚款、没收违法所得等。

3. 刑事责任追究：如果违法行为构成犯罪，行政机关应当将案件移送司法机关追究刑事责任。

建议：针对您所描述的情况，如果违法建筑被区政府撤销行政许可且法院确认审批违法，建议您密切关注行政机关的后续行动，并咨询专业律师以了解您的权益和义务。如有需要，您可以向我咨询相关法律问题，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。