行政许可在被确认违法后，一般应当予以撤销。具体分析如下：
一. 行政许可的撤销
法律依据：根据《中华人民共和国行政许可法》第六十九条，有下列情形之一的，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关，根据利害关系人的请求或者依据职权，可以撤销行政许可：（一）行政机关工作人员滥用职权、玩忽职守作出准予行政许可决定的；（二）超越法定职权作出准予行政许可决定的；（三）违反法定程序作出准予行政许可决定的；（四）对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予行政许可的；（五）依法可以撤销行政许可的其他情形。
撤销的后续处理：依照上述法律条款撤销行政许可，可能对公共利益造成重大损害的，不予撤销。同时，被许可人以欺骗、贿赂等不正当手段取得行政许可的，应当予以撤销，且被许可人基于行政许可取得的利益不受保护。
二. 行政许可的确认违法
确认违法的情形：在某些情况下，行政许可虽然违法，但可能由于撤销会造成更大损失或不利影响，因此会选择确认违法而不撤销。例如，行政许可程序违法，但撤销该许可会对公共利益造成重大损害，或者行政许可虽然违法，但撤销已经无实际意义的情况。
确认违法的法律后果：行政许可被确认违法后，即使不撤销，行政机关也需要承担相应的法律责任，如赔偿损失、采取补救措施等。
综上所述，行政许可在被确认违法后，原则上应当予以撤销，但也要考虑撤销是否会对公共利益造成重大损害。如果撤销会造成更大损失，可能会选择确认违法并采取相应的补救措施。因此，在处理行政许可违法问题时，需要综合考虑各种因素，作出最合理的决定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。