若合同中明确约定不允许申请扣款，原则上应遵守合同约定，但可通过协商、审查合同条款合法性、收集证据应对违约或寻求法律救济等途径解决相关问题。具体分析如下：
严格遵守合同条款：合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。若合同中明确写明“不允许申请扣款”，那么从合同法的角度来看，双方都应当严格遵守这一约定。任何一方擅自违反，都可能构成违约，需要承担相应的违约责任。因此，在这种情况下，首先应当尊重并遵守合同的约定，避免因为擅自扣款而引发法律纠纷。
尝试与对方协商：尽管合同中有不允许申请扣款的条款，但并不意味着在所有情况下都不能进行扣款。如果存在一些特殊情况，比如对方确实存在违约行为，且违约行为给己方造成了实际损失，那么可以尝试与对方进行协商，看是否能够就扣款事宜达成一致。在协商过程中，可以明确提出扣款的理由和依据，以及扣款的具体金额和方式，争取对方的理解和同意。
审查合同条款的合法性：有时候，合同中的某些条款可能因为违反法律法规的强制性规定而无效。如果认为“不允许申请扣款”这一条款存在违法情形，比如该条款限制了己方的合法权利、加重了己方的责任或者排除了己方的主要权利等，那么可以依法向人民法院或者仲裁机构申请确认该条款无效。一旦该条款被确认无效，那么就可以根据实际情况和法律规定来申请扣款。
收集证据应对可能的违约：如果对方存在违约行为，且违约行为符合合同中约定的扣款条件（尽管合同中有不允许申请扣款的总体表述，但可能存在例外情形或者双方在实际履行过程中有新的约定），那么应当及时收集相关证据，比如对方的违约证明、己方的损失证明等。这些证据将有助于在后续的协商、调解或者诉讼过程中支持己方的扣款主张。
寻求法律救济：如果经过协商、审查合同条款合法性以及收集证据等步骤后，仍然无法就扣款事宜达成一致，且认为对方的违约行为给己方造成了实际损失，那么可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。可以向人民法院提起诉讼或者向仲裁机构申请仲裁，要求对方承担违约责任并赔偿损失。在诉讼或者仲裁过程中，可以依据合同约定和法律规定来主张自己的扣款权利。