超出招投标合同金额的处理方式需结合具体情形判断，以下是分情况说明及处理建议：

1. 合同变更程序合法
   若双方通过补充协议明确约定增加金额，且符合《招标投标法》第46条规定的”书面形式+备案”要求（如政府采购项目需财政部门审批），则超出部分有效。关键点：需留存变更理由说明、双方签字盖章的补充协议、审批文件等证据。

2. 未履行法定变更程序
   未通过补充协议或未完成备案的，根据《民法典》第5百四十三条，超出部分可能被认定为”未订立合同”。此时建议：

• 立即补签书面协议并完善审批手续
  
• 若无法补救，可协商按原合同金额结算，超出部分作为赠与或另行签订独立合同
  
• 涉及政府采购的，可能面临行政处罚（如《政府采购法实施条例》第67条规定的警告/罚款）

1. 存在恶意串通情形
   若经查实存在围标串标、利益输送等违法行为，根据《招标投标法》第53条：
   

• 中标无效
  
• 处项目金额5‰-10‰罚款
  
• 对单位直接责任人员处单位罚款5%-10%罚款
  
• 违法所得予以没收
  特别提醒：此类情形可能触发刑事责任（《刑法》第223条串通投标罪）

1. 工程量变更导致超支
   建设工程领域常见情形，处理原则：
   

• 固定总价合同：原则上不予调整，除非设计变更或发包人指令
  
• 可调价合同：按实际完成工程量结算，但需符合《建设工程工程量清单计价规范》第9.3条规定的变更程序
  
• 证据留存：变更通知单、现场签证单、监理确认文件等

实务建议：

1. 发现超支时立即暂停施工/供货，书面通知对方确认变更事项
   
2. 7日内完成补充协议签订或变更申请提交
   
3. 定期核对账目，保留付款凭证、发票等财务证据
   
4. 涉及政府项目的，同步向财政部门报备变更情况
   

如需进一步分析具体合同条款或处理方案，可提供合同文本及变更过程文件，我将为您制定专项应对策略。