公司确实可以以员工不能胜任工作为由进行辞退，但这一行为必须严格遵循法定程序和条件，否则可能构成违法解除劳动合同。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律依据与条件

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条的规定，劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。这表明，公司以不能胜任工作为由辞退员工，需满足以下条件：

1. 有证据证明员工不能胜任工作：这通常要求公司有明确的考核标准、考核程序以及考核结果，且这些结果能够客观、公正地反映员工的工作表现。
2. 经过培训或调整工作岗位：在员工不能胜任工作的情况下，公司不能直接辞退，而应先给予员工改进的机会，如提供培训或调整至更适合的岗位。
3. 再次证明不能胜任工作：即使经过培训或调整岗位，员工仍不能胜任工作的，公司才能考虑辞退。
4. 提前通知或支付代通知金：公司需提前三十日以书面形式通知员工，或者选择额外支付一个月工资作为代通知金。

二、违法解除的后果

如果公司未满足上述条件，直接以不能胜任工作为由辞退员工，可能构成违法解除劳动合同。根据《劳动合同法》第八十七条的规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。经济补偿的计算公式为：经济补偿=工作年限×月工资（月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）。因此，违法解除的赔偿金为经济补偿的两倍。

三、实务建议

1. 完善考核制度：公司应建立科学、合理的考核制度，明确考核标准、考核程序以及考核结果的应用，确保考核结果的客观性和公正性。
2. 保留证据：在辞退员工前，公司应收集并保留相关证据，如考核记录、培训记录、调整岗位记录等，以证明员工确实不能胜任工作且公司已履行了法定程序。
3. 依法操作：在辞退员工时，公司应严格遵守法定程序，如提前通知、支付代通知金等，避免违法解除劳动合同的风险。
4. 协商解决：在可能的情况下，公司可以与员工进行协商，通过达成一致的方式解除劳动合同，以减少纠纷和成本。

四、员工应对策略

如果员工认为自己被公司以不能胜任工作为由违法辞退，可以采取以下措施：

1. 与公司协商：尝试与公司进行沟通，了解辞退的具体原因和依据，争取达成和解。
2. 申请劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
3. 提起诉讼：对劳动仲裁结果不服的，员工还可以向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

总之，公司以不能胜任工作为由辞退员工并非绝对不可行，但必须严格遵循法定程序和条件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。