针对公司克扣员工加班费的问题，核心结论是员工可以通过协商、投诉、仲裁或诉讼等法律途径维护自身权益。以下是具体分析和建议：

1. 协商解决
   首先建议与公司人力资源部门或直接上级沟通，明确要求支付被克扣的加班费。沟通时需保留书面证据（如邮件、聊天记录），或通过录音等方式固定口头协商内容。若公司承认克扣但拖延支付，可要求出具书面还款计划。

2. 行政投诉
   若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（可通过12333热线或人社局官网查询联系方式）。投诉时需提交：

   • 劳动合同（证明劳动关系）
     
   • 考勤记录（证明加班事实）
     
   • 工资条（证明克扣金额）
     
   • 其他证据（如加班审批单、同事证言等）
     劳动监察部门有权责令公司限期支付，逾期不付可加付50%-100%赔偿金。

3. 劳动仲裁
   若投诉未解决，可申请劳动仲裁（需在纠纷发生后1年内提出）。仲裁请求可包括：

   • 要求支付被克扣的加班费及25%经济补偿金（依据《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》）；
     
   • 若因克扣导致解除劳动合同，可主张经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
     注意：仲裁裁决具有法律效力，公司拒不履行可申请法院强制执行。

4. 诉讼途径
   对仲裁结果不服的，可在收到裁决书后15日内向法院起诉。诉讼阶段可进一步主张：

   • 加班费及利息；
     
   • 因公司违法行为导致的误工费、交通费等实际损失；
     
   • 惩罚性赔偿（如公司存在恶意拖欠等情形）。

关键提醒：

• 加班费计算基数通常为劳动合同约定的工资，无约定时按集体合同或实际工资（含奖金、津贴等）的70%确定；
  
• 日常加班费为150%工资/小时，休息日加班且未调休的为200%，法定节假日为300%；
  
• 保留所有与加班相关的证据（如打卡记录、加班审批单、工作邮件等），避免因证据不足败诉。

若需进一步分析具体案情或协助准备材料，可直接向我提问。