面对公司变相克扣加班工时的情况，您可以按照以下步骤来处理，以维护自己的合法权益：

一、确认违法性质

首先，要明确公司克扣加班工时的行为是违法的。根据劳动法规定，员工加班后，公司应当按照实际加班时长支付相应的加班费。如果公司未足额支付，即构成违法行为。

二、与公司沟通协商

1. 收集证据：在与公司沟通前，务必收集好加班申请记录、考勤记录、工资条等能够证明您实际加班时长和公司未足额支付加班费的证据。
2. 明确表达诉求：与公司相关负责人进行沟通，明确表达您要求按照实际加班工时支付加班费的诉求。
3. 保留沟通记录：如果可能的话，将沟通内容以书面形式记录下来，或者通过邮件、短信等方式进行确认，以便后续维权使用。

三、向劳动监察部门投诉

如果与公司沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉。投诉时，需要提供以下材料：

1. 个人身份证明：如身份证、工作证等。
2. 证据材料：包括加班申请记录、考勤记录、工资条、沟通记录等。
3. 投诉书：详细陈述公司克扣加班工时的事实、您的诉求以及已经采取的沟通措施等。

劳动监察部门在收到投诉后，会进行调查核实，并责令公司改正违法行为，必要时还会对公司处以罚款。

四、申请劳动仲裁

如果劳动监察部门的处理未能满足您的诉求，或者公司拒绝执行劳动监察部门的整改要求，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。申请仲裁时，需要准备以下材料：

1. 仲裁申请书：详细陈述仲裁请求、事实和理由。
2. 证据材料：与投诉时提供的证据材料相同。
3. 身份证明：如身份证、工作证等。

仲裁委员会在收到申请后，会进行审理并作出裁决。如果对仲裁结果不满，您还可以在规定时间内向法院提起诉讼。

五、注意事项

1. 及时维权：一旦发现公司克扣加班工时，应尽快采取措施维权，以免超过法定时效。
2. 保持冷静：在维权过程中，要保持冷静和理性，避免采取过激行为。
3. 寻求专业帮助：如果对法律程序不熟悉，可以寻求律师或法律援助机构的帮助。

总之，面对公司变相克扣加班工时的情况，您应当积极维护自己的合法权益，通过合法途径来解决问题。希望以上建议能够对您有所帮助。