非法占地行为主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责管理和查处。以下是关于非法占地管理部门的详细分析：

一、主要管理部门及其职责

1. 县级以上人民政府自然资源主管部门

   • 主要职责：这是非法占地行为的主要管理部门，负责监督和查处违反土地利用总体规划、擅自将农用地改为建设用地等非法占地行为。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。

2. 农业农村主管部门

   • 主要职责：在非法占地行为涉及破坏耕地等侵害耕地保护的情况时，农业农村主管部门会参与监督管理和执法工作。
   • 法律依据：例如，《中华人民共和国土地管理法》第三十七条及《基本农田保护条例》等相关规定，均涉及对耕地保护的管理和处罚。

3. 综合执法部门（如城市管理综合执法部门）

   • 主要职责：在特定区域或针对特定类型的非法占地行为，综合执法部门可能根据地方规定和改革举措进行查处，集中行使相关行政处罚权。
   • 法律依据：这通常依据地方性《城市管理综合执法条例》等法规进行。

二、处理措施

对于非法占地行为，县级以上人民政府自然资源主管部门将采取以下处理措施：

1. 责令退还土地：要求违法行为人退还非法占用的土地。
2. 恢复原状：要求违法行为人将被非法占用的土地恢复到占用前的状态。
3. 罚款：对违法行为人可以并处罚款，罚款额根据相关规定执行。
4. 没收建筑物：对符合土地利用总体规划但非法占地的，可能没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。
5. 追究刑事责任：若非法占地行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。

三、举报途径

如果您发现非法占地行为，可以向县级以上人民政府自然资源主管部门进行举报。这些部门有责任及时制止和处理违法行为，保护土地资源的合理利用和合法权益。

四、综合建议

非法占地行为不仅违反了国家土地管理法规，还破坏了土地资源的有序利用和保护。因此，我建议您：

1. 积极举报：一旦发现非法占地行为，及时向相关部门举报，以便及时制止和处理。
2. 了解法律：了解相关土地管理法规，增强自己的法律意识，避免无意中触犯法律。
3. 寻求法律帮助：如果您或您的亲友涉及非法占地问题，可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。

综上所述，非法占地行为的管理是一个涉及多个部门的综合性工作，需要各部门各司其职、协同合作。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。