针对员工自离公司的情况，处理方式需要依据具体的法律法规以及公司的内部规章制度来进行，以下是一些详细的处理建议：
一、法律层面的处理
判断离职性质：
- 首先，需要明确员工是自愿离职还是被迫离职。自愿离职是员工因个人原因主动提出解除劳动合同；而被迫离职则是因为公司存在违法行为，如拖欠工资、未缴纳社保等，导致员工无法继续工作而离职。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果是被迫离职，员工有权依法主张经济补偿金。
经济补偿金的支付：
- 如果员工是被迫离职，且符合《劳动合同法》第三十八条规定的情形（如未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险费等），公司应当按照第四十七条的规定向员工支付经济补偿金。
- 经济补偿金的标准是按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
离职证明的出具：
- 无论员工是自愿离职还是被迫离职，公司都应当依法为员工出具离职证明，这是员工的合法权益。
二、公司内部规章制度的处理
行政处分权：
- 如果员工自离被认定为旷工，公司可以依据内部规章制度对其进行行政处分，如警告、记过等。
单方解除劳动合同：
- 如果员工自离行为严重违反了公司的规章制度，公司有权依据相关法律法规和内部规章制度单方解除劳动合同。
要求赔偿损失：
- 如果员工自离给公司造成了损失，如未完成的工作交接、客户流失等，公司有权要求员工承担相应的赔偿责任。
违约金求偿权：
- 如果员工在离职时违反了保密义务、竞业限制或签订了专项培训协议并约定了服务期，公司有权要求员工支付违约金。
三、实际操作建议
及时沟通：
- 在员工自离后，公司应尽快与员工取得联系，了解离职原因，并告知其应履行的义务和可能承担的责任。
完善离职手续：
- 要求员工办理离职手续，包括工作交接、物品归还等，并签署离职协议或确认书。
保留证据：
- 公司应保留与员工自离相关的所有证据，如工资流水、沟通记录、离职说明等，以备不时之需。
依法处理：
- 在处理员工自离问题时，公司应严格遵守法律法规和内部规章制度，确保处理过程的合法性和公正性。
综上所述，处理员工自离公司的问题需要综合考虑法律层面和公司内部规章制度的要求。公司应依法支付经济补偿金（如适用）、出具离职证明，并依据内部规章制度对员工进行相应的处理。同时，公司也应加强与员工的沟通，完善离职手续，保留相关证据，并依法处理问题。