劳动合同与发薪主体不一致，在特定条件下是合法的，但也可能存在不合法的情况，这主要取决于双方的具体约定以及相关法律法规的适用。以下从几个角度进行详细分析：
合法情况
委托代发工资：
- 在实践中，用人单位可能出于管理便利或财务安排，委托第三方机构（如银行、人力资源服务公司等）代发工资。这种情况下，虽然发薪主体与劳动合同上的用人单位不一致，但只要用人单位与第三方机构之间存在合法的委托关系，并且这种委托关系已经明确告知劳动者，且劳动者的工资权益未受到损害，那么这种不一致是合法的。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第六条，用人单位应将工资支付给劳动者本人。劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。用人单位可委托银行代发工资。这表明，在合法委托的情况下，发薪主体的变更是被允许的。
关联企业代发：
- 如果用人单位与其关联企业（如子公司、分公司等）之间存在内部财务安排，由关联企业代发工资，且这种安排已经得到劳动者的同意或认可，并且劳动者的工资权益未受到损害，那么这种不一致也是合法的。
不合法情况
用人单位未告知或未经劳动者同意：
- 如果用人单位未经劳动者同意，擅自变更发薪主体，且未明确告知劳动者，导致劳动者的工资权益受到损害（如工资延迟发放、工资数额减少等），那么这种不一致是不合法的。
- 法律后果：劳动者有权要求用人单位按照劳动合同的约定支付工资，并可能要求用人单位承担因违约造成的损失。
以变更发薪主体为由逃避法律责任：
- 如果用人单位试图通过变更发薪主体来逃避其应承担的法律责任（如社会保险缴纳、经济补偿支付等），那么这种不一致是不合法的，且可能构成违法行为。
- 法律后果：用人单位可能面临劳动行政部门的处罚，并需要承担相应的法律责任。
建议与注意事项
劳动者角度：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付的部分，确保了解发薪主体和支付方式。
- 如果发现发薪主体与劳动合同不一致，应及时与用人单位沟通确认，并保留相关证据（如工资条、银行流水等）。
- 如果工资权益受到损害，应及时向用人单位提出异议，并考虑通过法律途径维护自己的权益。
用人单位角度：
- 在变更发薪主体时，应确保与劳动者进行充分沟通，并取得劳动者的同意或认可。
- 应确保变更后的发薪主体具备合法的支付能力，并能够按时足额支付劳动者的工资。
- 应遵守相关法律法规的规定，不得以变更发薪主体为由逃避法律责任。
总结来说，劳动合同与发薪主体不一致是否合法，取决于双方的具体约定以及相关法律法规的适用。如果您在实际情况中遇到了此类问题，或者对此有进一步的疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。