公司刷单被查，主要负责人确实可能会受到影响，具体影响取决于刷单行为的性质、情节严重程度以及主要负责人的参与程度。以下从不同角度详细分析：
一、行政责任
罚款与没收违法所得：
- 如果公司刷单行为被认定为虚假交易或虚假宣传，市场监管部门有权对公司进行罚款，并没收违法所得。
- 主要负责人作为公司决策或执行的关键人物，若被认定对刷单行为负有直接责任，也可能面临个人罚款。
行政处罚记录：
- 公司及主要负责人的行政处罚记录会被记入信用档案，影响公司声誉和主要负责人的个人信用。
二、刑事责任
诈骗罪：
- 如果刷单行为涉及虚构事实、隐瞒真相，以非法占有为目的骗取他人财物，且数额较大，可能构成诈骗罪。
- 主要负责人作为组织者或实施者，若被认定对诈骗行为负有直接责任，将面临刑事追究，包括有期徒刑、拘役或罚金等。
非法经营罪：
- 如果刷单行为被认定为违反国家规定，进行非法经营活动，扰乱市场秩序，且情节严重，可能构成非法经营罪。
- 主要负责人同样可能因组织或参与非法经营活动而面临刑事追究。
三、民事责任
赔偿损失：
- 如果刷单行为导致消费者或其他经营者遭受损失，公司及主要负责人可能需要承担赔偿责任。
- 消费者或其他经营者有权要求公司及主要负责人赔偿因刷单行为造成的直接和间接损失。
合同违约：
- 如果刷单行为涉及与第三方签订的合同，且该行为违反了合同约定，公司及主要负责人可能需要承担合同违约责任。
四、具体情节与责任认定
主要负责人参与程度：
- 如果主要负责人直接参与刷单行为的策划、组织或实施，其责任将更为严重。
- 如果主要负责人对刷单行为不知情或未直接参与，但因其管理职责疏忽导致刷单行为发生，也可能承担一定的管理责任。
刷单行为的性质与情节：
- 刷单行为的性质（如是否涉及诈骗、非法经营等）和情节严重程度（如刷单金额、次数、影响范围等）将直接影响主要负责人的责任认定。
五、建议与措施
立即停止刷单行为：
- 一旦发现刷单行为，公司应立即停止，并采取措施消除不良影响。
配合调查与整改：
- 公司及主要负责人应积极配合市场监管部门或司法机关的调查，如实说明情况，并按照要求进行整改。
加强内部管理：
- 公司应加强内部管理，完善规章制度，防止类似行为再次发生。
寻求法律帮助：
- 如果公司及主要负责人面临法律追究，应及时寻求专业律师的帮助，以维护自身合法权益。
总结来说，公司刷单被查，主要负责人确实可能会受到影响，具体影响取决于刷单行为的性质、情节严重程度以及主要负责人的参与程度。因此，公司及主要负责人应高度重视刷单行为的法律后果，加强内部管理，遵守法律法规，以维护公司声誉和个人信用。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。