结论：私立学校在员工上课期间犯罪而不发工资的行为，是否违法需分情况讨论，但通常情况下，私立学校无权因员工犯罪而单方面停发工资，除非该犯罪行为直接导致劳动合同无法履行或符合法定解除条件。以下从不同角度进行详细分析：
一、从劳动合同法的角度
劳动合同的履行：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。工资支付是用人单位的基本义务之一，除非存在法定或约定的解除劳动合同的情形，否则用人单位不得随意停发工资。
犯罪与劳动合同的关系：
- 员工在上课期间犯罪，并不直接导致劳动合同的解除或工资支付的停止。除非该犯罪行为严重违反了学校的规章制度，且该规章制度已经明确告知员工，同时符合《劳动合同法》中关于用人单位可以解除劳动合同的情形（如被依法追究刑事责任等），否则学校无权单方面停发工资。
二、从工资支付规定的角度
工资支付义务：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法规，用人单位应当按照劳动合同约定的日期支付工资，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。即使员工存在犯罪行为，只要劳动合同未解除，用人单位仍需履行工资支付义务。
例外情况：
- 如果员工因犯罪被依法追究刑事责任，且该刑事责任导致劳动合同无法继续履行（如被判刑入狱等），则用人单位可以依据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同，并停止支付工资。但在此之前，用人单位仍需支付员工应得的工资。
三、从实际操作的角度
学校规章制度：
- 私立学校通常会有自己的规章制度，其中可能包含对员工犯罪行为的处理规定。然而，这些规章制度必须符合法律法规的规定，且不得侵犯员工的合法权益。如果学校规章制度中规定员工犯罪即可停发工资，但该规定与法律法规相抵触，则该规定无效。
法律程序：
- 如果学校认为员工犯罪行为严重违反了规章制度，且符合解除劳动合同的条件，应当按照法定程序进行解除，并支付员工应得的工资和经济补偿（如适用）。未经法定程序单方面停发工资，可能构成违法。
四、建议与后果
对学校的建议：
- 私立学校在处理员工犯罪问题时，应当严格遵守法律法规的规定，确保处理程序的合法性和公正性。如果决定解除劳动合同，应当按照法定程序进行，并支付员工应得的工资和经济补偿。
对员工的后果：
- 如果学校违法停发工资，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求学校支付拖欠的工资及可能的赔偿金。同时，员工也可能因犯罪行为面临刑事责任和学校的纪律处分。
总结：私立学校在员工上课期间犯罪而不发工资的行为，是否违法需根据具体情况判断。但通常情况下，学校无权因员工犯罪而单方面停发工资。如果学校认为员工犯罪行为严重违反了规章制度且符合解除劳动合同的条件，应当按照法定程序进行解除，并支付员工应得的工资和经济补偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。