关于申请居家办公后工资如何支付的问题，核心结论取决于劳动合同约定、公司规章制度以及实际工作情况，具体分析如下：

1. 劳动合同或公司规章制度有明确约定
   如果劳动合同或公司规章制度中已明确居家办公期间的工资支付标准（例如全额支付、按工作量支付等），则应按照约定执行。这是最直接、优先适用的依据。
   例如：若合同约定“居家办公期间工资按正常出勤标准发放”，则公司需全额支付工资；若约定“按实际完成工作量结算”，则需根据工作量核算工资。

2. 劳动合同或制度无约定，但居家办公是公司安排
   若居家办公是公司因经营需要（如疫情、项目调整等）主动安排的，且员工正常提供劳动，则公司应按正常工资标准支付。
   法律依据：根据《工资支付暂行规定》，用人单位在劳动者完成劳动任务后，应按劳动合同约定的标准支付工资。居家办公不改变劳动关系本质，公司不得单方面降低工资。

3. 员工主动申请居家办公，且公司同意
   若员工因个人原因（如照顾家人、通勤困难等）主动申请居家办公，公司同意后，工资支付需分情况讨论：

   • 公司未提出调整工资：默认按原工资标准支付；
     
   • 公司提出调整工资（如按绩效、出勤天数等）：需与员工协商一致并签订补充协议，否则不得擅自降低工资。
     关键点：公司不得以“居家办公”为由单方面扣减工资，除非能证明员工未实际提供劳动或存在其他合法扣减情形（如事假、旷工等）。

4. 居家办公期间工资包含特殊项目（如奖金、补贴）
   若工资构成中包含交通补贴、餐补等与出勤相关的福利，公司可能主张扣除。但需满足以下条件：

   • 合同或制度中明确约定“此类补贴与出勤挂钩”；
     
   • 居家办公导致员工实际未产生相关费用（如无需通勤、在公司用餐等）。
     例外：若补贴是固定工资组成部分（如“岗位津贴”），则不得扣除。

建议行动：

• 优先查看劳动合同、公司规章制度中关于居家办公的条款；
  
• 若无明确规定，与公司协商确认工资支付方式，并保留书面记录（如邮件、微信聊天记录）；
  
• 若公司擅自扣减工资，可先通过劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁维护权益。
  

如有其他细节需要进一步分析（如公司拒付工资、工资结构复杂等），可以直接向我咨询。