自然资源部门在行政处罚申请法院强制执行未到位的情况下，可采取以下措施：

1. 跟进法院执行进展，加强沟通协调
   自然资源部门应主动与执行法院保持联系，了解未执行到位的具体原因（如被执行人无财产可供执行、财产处置困难等）。根据《行政强制法》第五十条及《最高人民法院关于适用〈民事诉讼法〉的解释》第五百一十七条，若法院因被执行人确无财产可供执行而裁定终结本次执行程序，自然资源部门可申请恢复执行（如后续发现被执行人财产线索）。同时，可要求法院采取限制高消费、纳入失信被执行人名单等间接执行措施，督促被执行人履行义务。

2. 申请变更或追加被执行人
   若被执行人存在财产转移、隐匿等行为，自然资源部门可依据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》，申请法院追加其配偶、关联企业等为被执行人。例如，若被执行人将财产无偿转让给亲属或企业，可申请撤销该转让行为并执行相关财产。

3. 探索行政非诉执行与刑事司法衔接
   若被执行人拒不执行行政处罚决定且情节严重（如伪造证据、暴力抗法），自然资源部门可依据《刑法》第三百一十三条【拒不执行判决、裁定罪】或《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，将案件移送公安机关立案侦查。刑事立案后，法院可对被执行人采取刑事强制措施，迫使其履行义务或通过刑事追缴程序处置财产。

4. 推动行政处罚与信用监管联动
   根据《国务院关于建立完善守信联合激励和失信联合惩戒制度加快推进社会诚信建设的指导意见》，自然资源部门可将未执行到位的被执行人信息纳入信用信息共享平台，实施联合惩戒（如限制参与政府采购、招投标等）。部分地区已出台具体规定，如《自然资源部关于印发〈自然资源领域失信行为联合惩戒措施清单〉的通知》，明确对拒不履行行政处罚决定的主体实施多部门联合限制。

5. 申请政府协调或启动行政代履行
   若行政处罚涉及拆除违法建筑、恢复土地原状等可代履行事项，自然资源部门可依据《行政强制法》第五十条，在法院强制执行未到位时，报请本级政府协调其他部门（如城管、公安）协助代履行，或直接委托第三方实施代履行，费用由被执行人承担。

操作建议：

• 定期梳理未执行到位案件，建立台账并动态更新被执行人财产线索；
  
• 加强与法院、公安、信用监管等部门的协作，形成执行合力；
  
• 对重大案件可提请上级自然资源部门或政府专题研究，推动跨区域、跨部门联合执行。
  

如需进一步分析具体案件的执行策略，可直接向我咨询。