员工在探亲假期间的绩效工资原则上不应被扣除，但具体是否扣除需结合公司规章制度、劳动合同以及实际情况综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律法规层面
根据《国务院关于职工探亲待遇的规定》以及相关劳动法律法规，探亲假是职工依法享有的带薪假期。这意味着，在探亲假期间，职工应当享受与正常工作期间相同的工资待遇，这通常包括基本工资和与出勤相关的固定津贴等。然而，对于绩效工资是否应扣除，法律法规并未作出直接、明确的规定。绩效工资往往与职工的工作表现、业绩成果等挂钩，具有浮动性。因此，在法律法规的框架下，是否扣除探亲假期间的绩效工资，更多地取决于公司内部的规章制度和劳动合同的具体约定。
二、公司规章制度与劳动合同层面
公司规章制度：公司有权根据自身的经营状况和人力资源管理需要，制定关于探亲假期间工资待遇的规章制度。如果公司的规章制度中明确规定了探亲假期间绩效工资的发放标准或扣除条件，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，那么公司有权按照规章制度执行。但需要注意的是，规章制度的制定必须合法合规，不得侵犯职工的合法权益。
劳动合同：劳动合同是职工与公司之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了探亲假期间绩效工资的发放方式或扣除条件，那么双方应当按照劳动合同的约定执行。如果劳动合同中没有相关约定，或者约定不明确，那么公司应当与职工进行协商，达成一致意见后再执行。
三、实际情况与公平合理原则
在实际操作中，公司应当遵循公平合理的原则，综合考虑职工的实际情况和公司的经营状况，来决定是否扣除探亲假期间的绩效工资。例如，如果职工在探亲假期间仍然承担了部分工作任务或为公司创造了价值，那么公司应当给予相应的绩效工资；如果职工在探亲假期间确实没有参与工作或没有为公司创造价值，且公司规章制度或劳动合同中有明确规定可以扣除绩效工资，那么公司可以按照规定执行。但无论如何，公司都应当确保扣除绩效工资的行为合法合规、公平合理，并避免侵犯职工的合法权益。
四、建议与风险提示
对于公司：建议公司在制定规章制度和签订劳动合同时，明确探亲假期间绩效工资的发放标准或扣除条件，以避免后续产生纠纷。同时，公司应当确保规章制度的制定程序合法合规，并经过民主程序制定并公示。
对于职工：如果职工对公司在探亲假期间扣除绩效工资的行为有异议，可以先与公司进行协商沟通，了解扣除的具体原因和依据。如果协商无果，职工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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