国家财政直接从工资中扣除400元是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果扣除的是依法应缴纳的个人所得税：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得应当缴纳个人所得税，这是公民的法定义务。
- 如果这400元是按照税法规定计算出的应缴纳税款，并且由用人单位依法代扣代缴，那么这种扣除是合法的。
- 计算公式示例（假设为工资薪金所得，且不考虑专项扣除、专项附加扣除等）：应纳税所得额 = 工资收入 - 起征点（目前为5000元/月），应纳税额 = 应纳税所得额 × 税率 - 速算扣除数。若计算出的应纳税额恰好为400元，则扣除合法。
如果扣除的是社会保险费用或住房公积金：
- 根据《中华人民共和国社会保险法》和《住房公积金管理条例》的规定，用人单位和劳动者应当按照一定比例缴纳社会保险费用和住房公积金。
- 如果这400元是劳动者应缴纳的社会保险费用或住房公积金部分，并且由用人单位依法代扣代缴，那么这种扣除也是合法的。
- 具体比例：社会保险费用和住房公积金的缴纳比例因地区和政策而异，需根据当地具体规定来确定。
如果扣除的是其他费用，且未经劳动者同意或不符合法律规定：
- 除非法律另有规定或劳动者明确同意，否则用人单位不得随意从劳动者工资中扣除其他费用。
- 如果这400元是未经劳动者同意或不符合法律规定的扣除，如罚款、押金等，那么这种扣除是不合法的。
- 法律后果：劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还被非法扣除的工资，并可能获得相应的赔偿。
建议：
- 如果你对工资中的扣除项目有疑问，首先应当查看自己的工资条或与用人单位沟通，了解扣除的具体项目和依据。
- 如果认为扣除不合法，可以收集相关证据（如工资条、劳动合同等），向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在处理此类问题时，建议保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。
总结：国家财政（或更准确地说，用人单位）从工资中扣除400元是否合法，取决于扣除的具体项目和依据。如果是依法应缴纳的个人所得税、社会保险费用或住房公积金，那么扣除是合法的；如果是其他未经劳动者同意或不符合法律规定的扣除，则是不合法的。如有疑问，建议及时咨询并寻求法律帮助。