公司要求三甲医院假条是否合法，需分情况讨论：
若公司规章制度有明确规定且合法合规：
- 规章制度制定程序合法：公司必须在制定规章制度时明确规定员工请病假需要提供三甲医院的病假证明，并且该规章制度需经过民主程序制定，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 规章制度已公示告知：规章制度需向员工进行公示或告知，确保员工知晓并理解相关规定。例如，通过公司内部公告、员工手册发放、电子邮件通知等方式进行公示。
- 特定行业或岗位的合理性：对于特殊行业或岗位，如航空公司飞行员、高空作业人员等，由于工作性质对身体健康有极高要求，公司要求员工提供三甲医院的病假证明是合理且合法的，这有助于确保员工身体状况符合工作要求，保障工作安全。
若公司规章制度缺乏合法依据或未公示告知：
- 缺乏制度依据：若公司没有制定相关规章制度，或虽然制定了但未经过民主程序及公示告知，则要求员工提供三甲医院的病假证明缺乏合法依据，员工有权拒绝提供，并可向公司说明情况。
- 限制员工合理就医权利：公司不能强制员工只能到特定的三甲医院就医。在急诊或特殊情况下，员工有权选择就近的医疗机构进行治疗，并提供相应的病假证明。例如，员工突发疾病时，附近没有三甲医院或去三甲医院路途遥远、交通不便，此时选择就近医院就医是合理的，公司应予以认可。
实际操作中的建议：
员工角度：
- 了解公司政策：员工应首先查阅所在公司的员工手册或相关政策文件，了解公司对病假条的具体要求。如果公司有明确规定，需遵守并执行；如果公司没有明确规定，可以咨询人力资源部门或相关负责人以获取更准确的指导。
- 保留就医证据：员工在就医时，应保留好诊断证明、病历、医疗费发票等相关证据，以备不时之需。这些证据可以证明员工确实患病并需要休息，有助于维护自身权益。
- 与公司沟通：如果员工确实无法提供三甲医院的病假条，应及时与公司沟通，说明实际情况，并提供其他合法有效的医疗机构出具的病假证明。公司应本着人性化管理的原则，对员工提供的病假证明进行合理评估和处理。
- 依法维权：如果公司因员工未能提供三甲医院病假条而不认可其病假、克扣工资等，员工可以与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁维护自身合法权益。
公司角度：
- 制定合理制度：公司在制定病假管理制度时，应权衡管理需要和员工的权益，避免过于严格的规定影响员工的健康状况和休息权。例如，可以规定对于一般疾病，员工提供合法有效的医疗机构出具的病假证明即可；对于复杂或疑难疾病，可以要求提供三甲医院的病假证明。
- 灵活处理病假申请：在实际操作中，公司应考虑到急诊情况的紧急性，允许员工在紧急情况下就近治疗，并提供就近医疗机构的诊断证明。同时，对于员工因特殊原因无法提供三甲医院病假条的情况，公司应进行合理评估和处理，避免一刀切的做法。
法律依据：
根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条规定，员工在患病或非因工负伤治疗期间享有病假及相应待遇，且该规定未对病假条的出具医院等级作出限定。因此，从法律角度来看，公司不能单方面强制要求员工必须提供三甲医院的病假条。
综上所述，公司要求三甲医院假条是否合法需根据具体情况判断。员工在遇到此类问题时，应了解公司政策、保留就医证据、与公司沟通并依法维权；公司则应制定合理制度、灵活处理病假申请，以维护良好的劳动关系和员工的健康权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。