结论前置：
- 一般情况下，年休假扣全勤是不合法的。员工在依法休年假期间，应享受与正常工作期间相同的工资收入及福利待遇，包括全勤奖。
- 特殊情况下，若公司规章制度有明确且合理的规定，并经过了民主程序制定及公示，且不违反法律法规的强制性规定，年休假扣全勤可能具有一定的合法性。但这种情况较为少见，且存在争议。
法律背景与解析：
年休假的法律性质：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条，职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。这是法律赋予劳动者的法定权利，单位应当保证职工享受年休假，且在年休假期间，职工享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，年休假是劳动者的正常出勤，单位不应因此扣除全勤奖或工资。
全勤奖的定义与性质：
- 全勤奖是企业为激励员工出满勤、保证工作正常开展而设立的奖励机制。它通常要求员工在一个考勤周期内，按照用人单位的正常工作制度，未出现迟到、早退、旷工、请假（除法定的带薪假期外）等缺勤情况。年休假作为劳动者的法定带薪假期，员工休年休假是合法行使自己的权利，并非无故缺勤或违反公司考勤制度，因此不应将休年休假认定为缺勤，进而扣除全勤奖。
公司规章制度的影响：
- 尽管法律规定了年休假的性质和待遇，但具体是否扣除全勤还需参考公司的规章制度。有些公司可能将年休假视为带薪假，不影响全勤考核；而有些公司可能有不同规定。然而，公司规章制度中关于年休假与全勤的规定，必须满足以下条件才具有法律效力：
- 经过合法程序制定，如经过民主程序讨论、公示或告知劳动者。
- 内容不违反法律法规的强制性规定，即不能违背《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规。
- 合理性考量，若规章制度明显不合理，损害了劳动者的合法权益，即使经过合法程序制定，也可能被认定为无效。
法律建议与行动指南：
对于员工：
- 首先，应了解自己的权益，明确年休假是法定权利，休年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入和福利待遇。
- 如果遇到年休假被扣除全勤奖的情况，应首先与公司沟通协商，要求公司按照法律规定支付全勤奖。
- 若协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。在申诉过程中，应提供充分的证据来证明自己的年休假是合法且符合规定的。
对于公司：
- 应制定合理且合法的规章制度，明确年休假与全勤的关系。如果确实需要将年休假纳入全勤考核范围，应确保该规定经过民主程序制定、向员工公示或告知，并且内容不违反法律法规的强制性规定。
- 在执行规章制度时，应确保公平、公正、公开，避免损害劳动者的合法权益。
可能法律后果：
- 如果公司违法扣除员工的全勤奖，员工有权要求公司补发，并可能因此获得相应的经济补偿。
- 如果公司规章制度违反法律法规或明显不合理，可能被劳动监察部门或劳动仲裁机构认定为无效，公司因此可能面临法律责任和声誉损失。
综上所述，年休假扣全勤在一般情况下是不合法的，员工应了解自己的权益并在必要时采取法律行动来维护自己的合法权益。同时，公司也应制定合理且合法的规章制度，确保员工的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。