结论：劳务工按时上班但打卡没打上，是否会扣工资不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
从公司规章制度角度
- 若公司规章制度明确规定打卡与工资挂钩：
- 许多公司会在规章制度中明确规定，员工的工资计算与打卡记录紧密相关，例如规定未打卡视为缺勤，缺勤则扣除相应工资。如果公司有这样明确且合理的规定，并且该规定已经向员工进行了公示或者告知，那么劳务工按时上班但打卡没打上，公司可能会依据此规定扣除相应工资。
- 举例：公司规定每月全勤（无迟到、早退、缺勤，以打卡记录为准）可获得全勤奖 200 元，且缺勤一天扣除当日工资的 100%。若劳务工某天按时上班但打卡没打上，公司依据此规定扣除当日工资的 100%以及全勤奖 200 元，从公司规章制度层面看，这种做法有一定合理性。
- 若公司规章制度未明确规定打卡与工资挂钩：
- 如果公司规章制度中没有明确将打卡记录与工资扣除直接关联，那么公司不能仅以打卡没打上为由扣除劳务工工资。因为工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，公司扣除工资需要有明确的依据和合理的理由。
- 举例：公司规章制度主要强调工作任务的完成情况、工作质量等方面，对于打卡记录只是作为考勤统计的一种参考，并未规定未打卡就扣除工资。此时，劳务工按时上班完成了工作任务，公司就不能因为打卡没打上而扣除其工资。
从实际情况和证据角度
- 劳务工能提供按时上班的证据：
- 若劳务工能够提供其他证据证明自己按时上班，例如同事的证言、工作记录、监控视频等，这些证据可以与未打卡的情况相互印证，证明自己确实履行了劳动义务。在这种情况下，公司不应该扣除劳务工工资。
- 举例：劳务工当天按时到达工作岗位，有同事可以证明其按时上班，并且当天的工作记录显示其完成了相应的工作任务。同时，公司的监控视频也能看到劳务工在正常工作时间内在工作场所活动。那么即使打卡没打上，公司也不能扣除其工资。
- 劳务工无法提供按时上班的证据：
- 如果劳务工无法提供任何证据证明自己按时上班，而公司又以打卡记录为依据认定其缺勤，那么公司扣除工资的可能性较大。但公司扣除工资也需要符合一定的程序和标准，不能随意扣除。
- 举例：劳务工声称自己按时上班但打卡没打上，却无法提供同事证言、工作记录等证据，公司根据打卡记录认定其缺勤，并按照公司规定的缺勤扣除标准扣除相应工资。在这种情况下，劳务工如果认为公司扣除工资不合理，需要承担一定的举证责任来证明自己按时上班。
从法律层面
根据《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的 20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
在打卡没打上的情况下，如果公司不能证明劳务工的行为给公司造成了经济损失，且扣除工资不符合公司规章制度或没有合理依据，那么公司扣除工资的行为可能涉嫌违法。劳务工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
建议：如果遇到这种情况，劳务工可以先与公司沟通协商，说明自己按时上班的情况，并提供相关证据，争取公司不扣除工资。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。有问题直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律帮助。