结论：个人运输车辆挂靠运输公司经营时，司机发生事故的工伤赔偿责任通常由挂靠单位（即运输公司）承担，但具体责任划分还需根据事故具体情况、挂靠协议内容以及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律责任主体
挂靠单位责任：
- 根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第三条：“社会保险行政部门认定下列单位为承担工伤保险责任单位的，人民法院应予支持：……（五）个人挂靠其他单位对外经营，其聘用的人员因工伤亡的，被挂靠单位为承担工伤保险责任的单位。”
- 这意味着，在个人运输车辆挂靠运输公司经营的情况下，如果司机因工作原因发生事故并构成工伤，被挂靠的运输公司通常需要承担工伤保险责任。
实际车主责任：
- 虽然挂靠单位是法律上的责任主体，但实际车主（即挂靠人）与司机之间往往存在雇佣关系或劳动关系。
- 在某些情况下，如果实际车主对事故的发生存在过错（如未提供安全的工作环境、未进行必要的安全培训等），实际车主也可能需要承担一定的赔偿责任。
二、责任划分与赔偿
工伤保险赔偿：
- 如果司机被认定为工伤，挂靠单位应依法为其申请工伤保险待遇，包括医疗费、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金等。
- 工伤保险赔偿的具体标准和流程应遵循当地的社会保险法规和政策。
民事赔偿：
- 除了工伤保险赔偿外，如果司机或其家属认为挂靠单位或实际车主存在过错，还可以提起民事诉讼要求赔偿。
- 民事赔偿的范围可能包括死亡赔偿金、丧葬费、被扶养人生活费等，具体赔偿项目和标准应依据《民法典》等相关法律法规进行确定。
三、特殊情况与考虑因素
挂靠协议内容：
- 挂靠协议是确定挂靠单位与实际车主之间权利义务关系的重要依据。
- 如果挂靠协议中明确约定了事故责任的承担方式，那么应优先遵循协议约定。但需要注意的是，协议内容不得违反法律法规的强制性规定。
事故具体情况：
- 事故的具体情况（如事故原因、责任划分等）也会影响赔偿责任的承担。
- 如果事故是由第三方造成的，那么司机或其家属还可以向第三方主张赔偿。
四、建议与措施
完善挂靠协议：
- 挂靠单位与实际车主在签订挂靠协议时，应明确约定事故责任的承担方式、工伤保险的缴纳等事项，以减少纠纷的发生。
加强安全管理：
- 挂靠单位应加强对挂靠车辆的安全管理，确保车辆符合安全标准、司机具备相应的驾驶资格和安全意识。
及时申请工伤认定：
- 如果司机发生事故并构成工伤，挂靠单位应及时为其申请工伤认定，以便司机能够及时享受工伤保险待遇。
总结与启示：个人运输车辆挂靠运输公司经营时，司机发生事故的工伤赔偿责任是一个复杂的问题，涉及多个法律主体和法律法规。为了降低风险、减少纠纷，挂靠单位与实际车主应加强沟通与合作，完善挂靠协议、加强安全管理，并在事故发生后及时采取措施保障司机的合法权益。如果您或您身边的人遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。