客运车挂靠经营中发生工伤，赔偿主体及责任承担需根据挂靠关系的法律性质、工伤保险缴纳情况综合判定，具体分以下两种情形处理：
1. 若挂靠单位（被挂靠方）未为劳动者缴纳工伤保险
根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第三条第五项，个人挂靠其他单位对外经营，其聘用的人员因工伤亡的，被挂靠单位为承担工伤保险责任的单位。此时赔偿流程及责任如下：
- 赔偿主体：被挂靠单位（客运车登记的所有权人或运营资质持有方）需直接承担工伤保险责任，包括一次性伤残补助金、医疗费、停工留薪期工资等《工伤保险条例》规定的全部待遇。
- 实际责任承担：若挂靠协议中约定由实际车主（挂靠人）承担工伤赔偿，该约定仅对双方有效，不得对抗劳动者。被挂靠单位赔偿后，可依据协议向挂靠人追偿，但劳动者仍有权直接要求被挂靠单位全额赔偿。
- 例外情形：若劳动者明知挂靠关系且与挂靠人直接建立劳动关系（如签订劳动合同、由挂靠人发放工资），可能被认定为与挂靠人存在事实劳动关系，此时需以挂靠人为赔偿主体，但司法实践中此类认定较严格，需结合具体证据判断。
2. 若挂靠单位已为劳动者缴纳工伤保险
- 赔偿主体：由工伤保险基金支付大部分待遇（如一次性伤残补助金、医疗费等），被挂靠单位需承担用人单位责任，包括停工留薪期工资、护理费、伤残津贴（五至六级）等。
- 关键风险点：若挂靠单位未如实申报工资基数导致工伤保险待遇降低，劳动者可要求被挂靠单位补足差额；若挂靠单位未及时申报工伤，相关费用也可能由被挂靠单位承担。
实务建议
- 劳动者：发生工伤后，优先申请工伤认定（需在1年内提出），并保留与挂靠单位或挂靠人存在劳动关系的证据（如工资发放记录、工作证、同事证言等）。若被挂靠单位拒绝赔偿，可申请劳动仲裁或直接起诉。
- 被挂靠单位：挂靠经营时，建议通过协议明确工伤赔偿责任的最终承担方，并要求挂靠人提供担保；同时，务必为挂靠车辆的实际用工人员缴纳工伤保险，以降低法律风险。
- 挂靠人：若未缴纳工伤保险，需预留足额资金应对工伤赔偿，避免因被挂靠单位追偿导致财产损失。
提示：客运车挂靠经营中，劳动者与被挂靠单位的关系常因“实际控制权”“利益分配”等因素被认定为“事实劳动关系”，即使未签订劳动合同，被挂靠单位也难逃赔偿责任。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据为您分析赔偿路径。