交通运输执法在符合法定条件的情况下，是可以扣留合法的营运车的。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法扣留的情形
存在违法行为：
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，若营运车辆存在未取得道路运输经营许可擅自运营、使用无效证件、超越许可事项等违法行为，交通运输执法部门有权依法对车辆进行扣留。例如，车辆未取得道路运输证而从事客运或货运活动，执法部门在查实后，可以依法扣留车辆。
保障公共安全：
- 在某些情况下，如车辆存在严重安全隐患，可能危及公共安全时，交通运输执法部门也有权扣留车辆，以消除安全隐患。例如，车辆超载严重，可能引发交通事故，执法部门在发现后，可以依法扣留车辆，并要求车主进行整改。
二、合法扣留的程序要求
出示执法证件：
- 执法人员在扣留车辆时，必须出示有效的执法证件，以证明其执法身份和权限。
告知扣留理由和依据：
- 执法人员应当当场告知车主扣留车辆的理由、依据以及车主依法享有的权利和救济途径。这有助于车主了解扣留的合法性，并维护自身权益。
制作现场笔录和交付扣押决定书：
- 执法人员应当制作现场笔录，记录扣留车辆的时间、地点、车辆信息、扣留理由等关键信息。同时，应当向车主交付扣押决定书，明确载明扣留车辆的相关信息，如扣留期限、扣留地点等。
三、非法扣留的情形及应对措施
非法扣留的情形：
- 若交通运输执法部门没有明确的法律法规授权，或车辆不存在应当被扣留的违法情形，却对营运车辆进行了扣留，则该扣留行为是违法的。此外，若执法人员未出示执法证件、未告知扣留理由和依据、未制作现场笔录或未交付扣押决定书等，也构成程序违法，属于非法扣留。
应对措施：
- 若车主认为扣留行为不合法，首先应向执法部门进行陈述和申辩，明确表达自身立场和观点。
- 若执法部门未予纠正，车主可以向上一级行政机关申请行政复议，请求对扣留行为进行审查，确认其合法性。
- 如行政复议未能解决问题，车主还可以向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径维护自身权益。
- 在整个过程中，车主应积极收集相关证据，如扣留现场照片、视频、证人证言等，以便在后续程序中有效证明自身权益。
四、实际案例与启示
- 案例：某地交通运输执法部门在巡查时发现一辆营运客车未取得道路运输证而从事客运活动，执法人员依法出示执法证件后，告知车主扣留理由和依据，并制作了现场笔录和交付了扣押决定书。车主对扣留行为无异议，并配合执法部门进行了后续处理。
- 启示：此案例表明，在存在违法行为且执法程序合法的情况下，交通运输执法部门是有权扣留营运车辆的。车主应遵守相关法律法规，确保车辆合法运营，以避免不必要的法律纠纷。
综上所述，交通运输执法在符合法定条件的情况下是可以扣留合法的营运车的。车主在面对扣留行为时，应了解扣留的合法性和程序要求，并依法维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。