违法运营客车在查处过程中是可以被扣留的。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据角度

根据《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定，对于未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，县级以上道路运输管理机构有权采取一系列措施，其中就包括扣留车辆。这是为了维护道路运输市场的秩序，保障合法经营者的权益，以及确保乘客的安全。具体来说，如果客车存在违法运营行为，如无证经营、超载等，道路运输管理机构在查处过程中，有权依法扣留该车辆，以进行进一步的调查和处理。

执法实践角度

在实际执法过程中，扣留违法运营客车是一种常见的执法手段。当执法人员发现客车存在违法运营行为时，他们会首先进行初步的调查和取证，包括检查车辆的相关证件、询问驾驶员和乘客等。如果确认车辆存在违法运营行为，执法人员会依法出具扣留决定书，并将车辆扣留至指定的地点。在扣留期间，执法人员会对车辆进行进一步的调查和处理，如核实违法事实、计算违法所得、作出行政处罚决定等。

后续处理角度

扣留违法运营客车后，道路运输管理机构会根据违法事实的严重程度和相关法律法规的规定，对违法者作出相应的行政处罚。这可能包括罚款、没收违法所得、吊销道路运输经营许可证等。同时，如果扣留的车辆存在安全隐患或者不符合相关标准，道路运输管理机构还有权要求违法者进行整改或者强制报废。在违法者履行完行政处罚决定后，道路运输管理机构会依法解除扣留，将车辆返还给违法者。

特殊情况说明

当然，在扣留违法运营客车的过程中，也需要遵循一定的程序和规定。例如，执法人员必须出示执法证件、出具扣留决定书、告知违法者扣留的理由和依据等。同时，如果违法者对扣留决定不服，他们也有权依法申请行政复议或者提起行政诉讼。

建议：

• 对于客车运营者来说，一定要遵守相关法律法规的规定，取得合法的道路运输经营许可，并按照规定的路线、站点和时间进行运营。
• 如果遇到客车被扣留的情况，不要慌张或者抗拒执法，而是应该积极配合执法人员的调查和处理工作，并依法维护自己的合法权益。

如果你还有其他关于交通运输领域的法律问题，欢迎直接向我咨询。