交通部门在运输企业超范围经营的情况下，是有权扣车的，但需满足一定条件并遵循法定程序。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定，运输企业必须按照其经营许可证上核定的范围进行经营。若企业超范围经营，即从事了未经许可的道路运输活动，这便构成了违法行为。对于此类违法行为，交通部门作为道路运输管理的行政主管部门，有权依法进行查处。
二、扣车条件与程序
扣车条件：
- 运输企业确实存在超范围经营的行为。
- 该行为违反了《中华人民共和国道路运输条例》或其他相关法律法规。
- 交通部门在执法过程中发现或接到举报并查实了上述违法行为。
扣车程序：
- 交通部门在查处超范围经营行为时，若认为有必要扣留车辆以防止证据灭失或违法行为继续，可以依法作出扣车决定。
- 扣车决定应当以书面形式作出，并明确扣留车辆的原因、期限及法律依据。
- 交通部门在扣留车辆时，应当出具扣留凭证，并告知当事人享有的权利和救济途径。
三、扣车后的处理
- 交通部门在扣留车辆后，会进一步调查取证，确认违法事实。
- 若确认违法事实成立，交通部门会依法作出行政处罚决定，如罚款、吊销经营许可证等。
- 在行政处罚决定作出后，若当事人履行了处罚决定，交通部门应当及时解除扣留措施，返还车辆。
四、法律建议
- 运输企业：应严格遵守《中华人民共和国道路运输条例》及其他相关法律法规，按照经营许可证上核定的范围进行经营，避免超范围经营带来的法律风险。
- 若遭遇不当扣车：当事人认为交通部门的扣车行为违法或不当的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
举例说明：假设某运输企业原本只持有普通货物运输的经营许可证，但未经许可擅自从事了危险货物运输。交通部门在执法过程中发现该企业的违法行为后，有权依法扣留其用于危险货物运输的车辆，并进一步调查取证。若确认违法事实成立，交通部门会依法作出行政处罚决定，如罚款或吊销经营许可证等。
综上所述，交通部门在运输企业超范围经营的情况下是有权扣车的，但需满足一定条件并遵循法定程序。若您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。