结论前置：普通货车超限，交通运输部门是有权扣押车辆的，这一权力主要来源于《中华人民共和国公路法》、《公路安全保护条例》、《超限运输车辆行驶公路管理规定》及《中华人民共和国道路交通安全法》等法律法规。

一、法律依据及扣押车辆的具体情形

1. 《中华人民共和国公路法》：

   • 第五十条明确规定，超过公路限载、限高、限宽、限长标准的车辆，不得在有限定标准的公路上行驶。公路管理机构有权进行超限检测，对违法超限车辆可采取相应措施，包括扣押车辆。
   • 第七十六条第五项规定，车辆超限使用汽车渡船或者在公路上擅自超限行驶的，由交通主管部门责令停止违法行为，并可处三万元以下的罚款，这也间接支持了扣押车辆的合法性，因为扣押是确保处罚执行的一种手段。

2. 《公路安全保护条例》：

   • 第三十三条重申了超限车辆不得在公路上行驶的规定。
   • 第六十四条规定，违反规定者，由公路管理机构责令改正，并可处三万元以下的罚款；为确保处罚执行，执法部门有权扣押车辆。
   • 第六十五条至第六十七条进一步规定了扣留车辆的情形，如未按指定时间、路线行驶，扰乱超限检测秩序，采取故意堵塞固定超限检测站点通行车道、强行通过固定超限检测站点等方式扰乱超限检测秩序的，以及采取短途驳载等方式逃避超限检测的，公路管理机构均可强制拖离或者扣留车辆。

3. 《超限运输车辆行驶公路管理规定》：

   • 第二十七条要求违法超限车辆自行消除违法状态，必要时公路管理机构可扣押车辆。

4. 《中华人民共和国道路交通安全法》：

   • 第九十二条规定，货运机动车超过核定载质量的，处以罚款，并由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。

二、处罚标准与处理流程

• 处罚标准：根据超限程度的不同，处罚力度也会逐渐加大。一般来说，超限10%以下，可能以批评教育为主；超限10%以上20%以下，可能处300元以上500元以下罚款；超限20%以上30%以下，可能处500元以上1000元以下罚款；超限30%以上，处罚将更为严厉，直至扣留车辆。

• 处理流程：

  1. 车主或驾驶人应及时消除超载或超限的违法状态，如卸载货物至合法载重范围内。
  2. 在规定时间内到交警大队或相关交通运输部门提交相关证件，接受处罚。
  3. 处理完相关事宜后，方可取回车辆。

三、注意事项

• 扣车期限：车主或驾驶人应了解并关注扣车期限，避免因超期扣押而导致的额外法律问题或经济损失。
• 积极配合：在面对交通运输部门的调查和处理时，车主或驾驶人应积极配合，以便尽快解除车辆扣押，恢复车辆的正常使用。

综上所述，普通货车超限，交通运输部门确实有权扣押车辆，这是基于保障公路设施安全、维护道路交通秩序以及确保法律有效实施的考虑。作为车主或驾驶人，应严格遵守相关法律法规，确保车辆装载符合规定，以避免不必要的法律纠纷和经济损失。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。