结论：仅收到整改通知书后搭建的临时猪圈被强拆是否合法，需根据具体情况判断，包括整改通知书的性质、强拆程序是否合法以及猪圈是否属于违法建筑等。以下从不同角度为您详细分析：
一、整改通知书的性质与效力
整改通知书的法律地位：
- 整改通知书通常是行政机关在发现违法行为或存在安全隐患时，向相对人发出的要求其限期改正的通知。它本身并不直接产生强制拆除的法律效果，而是为后续的行政处罚或强制执行提供依据。
整改通知书的内容要求：
- 整改通知书应当明确指出违法事实、整改要求、整改期限以及不整改的后果等。如果整改通知书内容不明确或缺乏法律依据，其效力可能会受到质疑。
二、强拆程序的合法性
强制拆除的法定程序：
- 根据《行政强制法》等相关法律法规，行政机关在实施强制拆除前，应当履行催告、听取陈述申辩、作出强制执行决定等程序。如果行政机关未履行这些程序，直接实施强制拆除，可能构成违法。
强制拆除的合法性审查：
- 在审查强制拆除的合法性时，需要关注行政机关是否依法取得了强制执行权、是否按照法定程序实施了强制拆除、是否保障了相对人的合法权益等。
三、猪圈是否属于违法建筑
违法建筑的认定：
- 违法建筑通常指未经规划许可或违反规划许可要求建设的建筑物。如果您的临时猪圈未经相关部门批准建设，或者违反了相关规划要求，可能被认定为违法建筑。
违法建筑的处理方式：
- 对于违法建筑，行政机关有权依法责令限期拆除或自行拆除。如果相对人在规定期限内未拆除，行政机关可以依法实施强制拆除。但是，强制拆除前必须履行法定程序。
四、具体情境下的合法性判断
如果整改通知书合法且猪圈属于违法建筑：
- 在这种情况下，如果行政机关依法履行了催告、听取陈述申辩、作出强制执行决定等程序，那么实施强制拆除可能是合法的。
如果整改通知书不合法或猪圈不属于违法建筑：
- 如果整改通知书内容不明确、缺乏法律依据，或者猪圈并非违法建筑，那么行政机关实施强制拆除可能构成违法。您有权依法维护自己的合法权益，包括申请行政复议或提起行政诉讼等。
五、建议与措施
核实整改通知书的合法性：
- 仔细审查整改通知书的内容，确认其是否明确指出了违法事实、整改要求、整改期限以及不整改的后果等。如果整改通知书存在瑕疵或缺乏法律依据，您可以向相关部门提出异议或申请复议。
了解强拆程序是否合法：
- 如果行政机关已经实施了强制拆除，您可以要求其出示相关的法律文书和证据材料，以确认其是否依法履行了催告、听取陈述申辩、作出强制执行决定等程序。
寻求法律帮助：
- 如果您对整改通知书或强制拆除的合法性存在疑问，或者认为自己的合法权益受到了侵害，建议您及时咨询专业律师（即我本人，薛志明律师，专注于刑事辩护、拆迁补偿、医疗纠纷领域），以便更好地维护自己的权益。
总之，仅收到整改通知书后搭建的临时猪圈被强拆是否合法，需根据具体情况判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。