科室奖金不公开是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果科室奖金属于公司规章制度中明确规定应公开的内容：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条的规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 若科室奖金属于此类应公开的规章制度内容，而公司未予公开，则可能构成违法。因为这侵犯了劳动者的知情权，劳动者有权了解自己的劳动报酬构成及发放情况。
如果科室奖金不属于公司规章制度中明确规定应公开的内容，且公司内部有合理的保密规定：
- 在这种情况下，公司可能出于保护商业秘密、维护内部管理秩序等考虑，对科室奖金进行保密处理。
- 只要这种保密规定不违反法律法规的强制性规定，且未侵犯劳动者的合法权益，那么科室奖金不公开就不构成违法。但公司应确保保密规定的合理性和合法性，避免滥用保密权利损害劳动者利益。
从劳动者权益保护的角度来看：
- 无论科室奖金是否公开，公司都应确保奖金的发放公平、公正、透明，避免出现暗箱操作、歧视性发放等情况。
- 如果劳动者对科室奖金的发放有疑问或不满，有权向公司提出查询或申诉。公司应积极回应劳动者的诉求，提供必要的解释和说明，确保劳动者的合法权益得到保障。
建议：
- 对于公司而言，应建立健全的规章制度，明确科室奖金的发放标准和公开范围，确保制度的合法性和合理性。同时，加强与劳动者的沟通和交流，及时解答劳动者的疑问和关切。
- 对于劳动者而言，如果发现公司存在科室奖金不公开且可能侵犯自己合法权益的情况，可以与公司进行协商解决。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：科室奖金是否公开需根据具体情况判断，关键在于是否违反了相关法律法规和公司规章制度，以及是否侵犯了劳动者的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。