核心结论：挂靠公司注销后，针对甲方所欠工程款及欠发票问题，可通过以下途径解决：
工程款追讨
- 诉讼主体确定：挂靠公司虽已注销，但若其注销前未依法清算或存在未了结债务，可尝试将原公司股东、清算义务人（如董事、实际控制人）列为共同被告。根据《公司法》及相关司法解释，若股东未履行清算义务导致债权人利益受损，需承担连带赔偿责任。
- 实际施工人身份主张：若您是实际施工人（即实际投入资金、材料、劳动力完成工程的一方），可直接以个人名义起诉甲方要求支付工程款。依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第43条，实际施工人有权突破合同相对性，向发包人（甲方）主张权利。
- 证据收集：需提供工程合同、施工记录、验收单、结算文件等证明工程款金额及甲方欠款事实的证据。若挂靠协议合法有效，也可作为主张权利的依据。
发票开具问题
- 税务合规处理：挂靠公司注销后，其税务登记已终止，无法直接开具发票。但根据《发票管理办法》及税务实践，可尝试以下方式：
- 协商解决：与甲方沟通，由您作为实际施工人向税务机关申请代开发票（需提供合同、付款凭证等材料）。
- 税务机关协调：若甲方坚持要求原公司开票，可向当地税务机关说明情况，请求协助处理。税务机关可能要求甲方接受代开发票或调整税务处理方式。
- 风险防范：若无法开具发票，甲方可能以“未取得合法票据”为由拒付工程款。建议在诉讼中主张工程款与发票开具为不同法律关系，工程款支付不以发票开具为前提，同时积极配合甲方解决发票问题。
综合建议
- 优先协商：与甲方沟通，明确工程款金额及付款计划，同时协商发票开具或代开方案，争取达成书面协议。
- 及时起诉：若协商无果，尽快向法院起诉，避免超过诉讼时效（一般为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算）。
- 财产保全：起诉时申请财产保全，冻结甲方银行账户或查封等值财产，确保判决后能顺利执行。
- 专业协助：工程款纠纷涉及合同、税务、公司法等多领域法律问题，建议委托律师介入，制定诉讼策略并代理诉讼，提高维权效率。
行动建议：立即整理工程合同、施工记录、结算文件等证据，评估甲方财产状况，根据实际情况选择协商或诉讼途径解决。如有疑问，可直接向我咨询具体操作方案。