当辞退员工的月平均工资超过社会平均工资三倍时，经济补偿金的计算会受到相应限制，具体计算方式如下：

1. 经济补偿金的基本计算原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，经济补偿金通常按照劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

2. 月平均工资超过社会平均工资三倍时的限制：

   • 当劳动者的月平均工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍时，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付。
   • 同时，支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这意味着，即使劳动者在用人单位的工作年限超过十二年，经济补偿金也只会按照十二年的标准来计算，且月工资基数受限于社会平均工资的三倍。

3. 具体计算公式：

   • 假设社会平均工资为\(M\)，劳动者的月平均工资为\(W\)，且\(W > 3M\)，劳动者在用人单位的工作年限为\(N\)年。
   • 经济补偿金 = \(3M \times \min(N, 12)\)
     • 其中，\(\min(N, 12)\)表示取\(N\)和12中的较小值。

4. 举例说明：

   • 假设某地区上年度职工月平均工资为5000元，劳动者的月平均工资为20000元（即超过社会平均工资的三倍），劳动者在用人单位工作了15年。
   • 根据上述公式，经济补偿金 = \(3 \times 5000 \times \min(15, 12) = 3 \times 5000 \times 12 = 180000\)元。
   • 尽管劳动者工作了15年，但由于月平均工资超过了社会平均工资的三倍，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年，因此经济补偿金按照十二年的标准来计算。

总结与建议：

• 在处理辞退员工且月平均工资超过社会平均工资三倍的情况时，用人单位应严格按照法律规定计算经济补偿金，避免违法风险。
• 劳动者在面临此类情况时，也应了解自己的权益和计算方式，确保获得合理的经济补偿。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。