科研院所负责人在社会团体兼职法人，可能违反的规定主要取决于其身份性质及具体兼职情况，以下分情况讨论：
若科研院所负责人属于公务员或参照公务员管理的事业单位工作人员：
- 违反规定：根据《公务员法》第五十九条的规定，公务员不得违反有关规定从事或者参与营利性活动，在企业或者其他营利性组织中兼任职务。虽然此条款直接针对的是营利性活动，但公务员在社会团体兼职法人也可能因涉及利益冲突、影响公正执行公务等问题而受到限制。特别是如果该社会团体与科研院所存在业务往来或利益关联，则更可能构成违规。
- 具体后果：若违反此规定，公务员可能面临警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等处分。
若科研院所负责人属于事业单位工作人员（非参照公务员管理）：
- 违反规定：事业单位工作人员兼职需遵守《事业单位工作人员处分暂行规定》等相关规定。虽然该规定未直接禁止事业单位工作人员在社会团体兼职法人，但要求事业单位工作人员不得违反国家规定，从事、参与营利性活动或者兼任职务领取报酬。如果兼职法人行为被视为从事营利性活动或领取报酬，则可能构成违规。
- 特殊情况：此外，如果科研院所负责人属于专业技术岗位，且兼职法人行为与其专业技术工作无关，且未影响本职工作，同时未领取额外报酬，那么这种兼职行为可能不被视为违规。但具体还需根据科研院所的内部规定和当地的相关政策来判断。
- 具体后果：若违反相关规定，事业单位工作人员可能面临警告、记过、降低岗位等级或者撤职、开除等处分。
若科研院所负责人属于国有企业领导人员：
- 违反规定：国有企业领导人员兼职需遵守《国有企业领导人员廉洁从业若干规定》等相关规定。该规定明确禁止国有企业领导人员违反规定兼职或者兼职取酬。如果科研院所负责人作为国有企业领导人员，在社会团体兼职法人并领取报酬，则构成违规。
- 具体后果：若违反此规定，国有企业领导人员可能面临警告、记过、记大过、降职、撤职、开除等处分，并可能面临经济处罚。
建议：
- 科研院所负责人在考虑在社会团体兼职法人前，应首先明确自己的身份性质（公务员、事业单位工作人员还是国有企业领导人员），并了解相关法律法规和内部规定。
- 如果兼职行为可能涉及利益冲突或影响公正执行公务，应主动回避或申请批准。
- 兼职前应咨询所在单位的人事部门或法律顾问，确保自己的兼职行为符合相关规定和政策要求。
总结：科研院所负责人在社会团体兼职法人是否违规，需根据其身份性质及具体兼职情况来判断。在兼职前，应充分了解相关法律法规和内部规定，确保自己的兼职行为合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。