结论：在三个合伙人指认另一个合伙人私藏工程款但又拿不出证据的情况下，处理此事需要谨慎且全面地考虑多个方面，包括内部协商、证据收集、法律途径以及预防措施等。以下是对此问题的详细分析：

1. 内部协商与沟通：

   • 尝试友好解决：首先，建议合伙人之间进行坦诚的沟通，尝试通过协商解决问题。有时候，误会或沟通不畅可能是导致此类指认的原因。通过开放、诚实的对话，可能能够澄清事实，达成和解。
   • 制定内部规则：为了避免未来再次发生类似情况，合伙人之间可以制定或完善内部财务管理规则，明确工程款的收支、分配和监督机制，确保透明度和公正性。

2. 证据收集与调查：

   • 尽力收集证据：尽管目前可能缺乏直接证据，但合伙人仍应尽力收集任何可能间接证明私藏工程款行为的证据，如银行流水记录、合同文件、通信记录等。这些证据可能有助于揭示真相或支持指认。
   • 考虑专业调查：如果内部努力无法取得进展，合伙人可以考虑聘请专业的调查机构或会计师事务所进行财务审计，以获取更客观、专业的证据。

3. 法律途径：

   • 咨询专业律师：在采取任何法律行动之前，建议合伙人咨询专业律师，特别是像我这样专注于公司事务和合同纠纷领域的律师。律师可以评估现有证据的充分性，提供法律意见，并指导合伙人如何合法、有效地维护自己的权益。
   • 提起诉讼或仲裁：如果证据充分且法律允许，合伙人可以考虑向法院提起诉讼或根据合伙协议中的仲裁条款申请仲裁，要求被指认的合伙人返还私藏的工程款，并可能要求赔偿因此造成的损失。

4. 预防措施与未来规划：

   • 完善合伙协议：确保合伙协议中明确规定了工程款的收支、分配、监督以及争议解决机制等条款，以减少未来发生类似纠纷的可能性。
   • 建立监督机制：设立独立的财务监督机构或指定专人负责财务监督，确保工程款的合法、合规使用，并及时发现和纠正任何不当行为。

额外建议：

• 在处理此类纠纷时，保持冷静和理性至关重要。避免情绪化的决策或行为，以免加剧矛盾或损害合伙关系。
• 考虑到合伙关系的复杂性和敏感性，建议在处理纠纷时寻求专业调解或仲裁机构的帮助，以更和平、高效的方式解决问题。

后续行动：

• 如果您需要进一步的法律咨询或帮助，请随时向我提问。作为专注于公司事务和合同纠纷领域的律师，我将能够为您提供专业、全面的法律服务。