在不正当竞争与商标侵权并存的情况下，案由的确定及法律的适用需根据具体行为特征和法律关系进行综合判断，通常存在以下两种处理方式：

1. 案由的确定

   • 单一案由主张：若行为核心表现为商标侵权（如假冒注册商标、销售侵权商品），且不正当竞争行为（如虚假宣传、商业诋毁）与商标侵权具有高度关联性或从属性，可优先以商标侵权为案由主张权利。此时，不正当竞争行为可作为商标侵权的辅助事实或加重情节，在赔偿计算或责任承担中予以考量。
     
   • 竞合案由主张：若行为同时独立构成商标侵权和不正当竞争（如仿冒混淆行为与虚假宣传行为并存，且二者无直接从属关系），可依据《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》及《反不正当竞争法》的相关规定，同时主张商标侵权和不正当竞争，形成请求权竞合。此时需在起诉状中明确两项诉讼请求，并分别论证行为构成要件。

2. 法律的适用

   • 商标侵权部分：适用《商标法》第五十七条至第六十三条，重点论证侵权行为的构成（如是否在相同或类似商品上使用相同或近似商标）、侵权人的主观过错（故意或过失）、侵权行为的规模及后果（如销售金额、市场影响），并依据第六十三条确定赔偿数额（包括权利人损失、侵权人获利、商标许可使用费的倍数或法定赔偿）。
     
   • 不正当竞争部分：适用《反不正当竞争法》第六条至第十七条，需结合行为类型（如混淆行为、虚假宣传、商业诋毁）论证其违法性。例如，若行为涉及“擅自使用与他人有一定影响的商品名称、包装、装潢等相同或近似的标识”，需证明该标识的“一定影响”及混淆可能性；若涉及虚假宣传，需证明宣传内容的虚假性或误导性及对市场竞争秩序的损害。
     
   • 法律竞合时的处理：若同一行为同时触犯《商标法》和《反不正当竞争法》（如仿冒混淆行为），根据特别法优于一般法原则，优先适用《商标法》；但若《商标法》未涵盖的行为（如商业诋毁、虚假宣传）与商标侵权并存，则需同时适用两部法律。此外，若行为构成不正当竞争但未达到商标侵权程度（如未使用注册商标但仿冒未注册的知名商品标识），可单独依据《反不正当竞争法》主张权利。

实务建议：在起诉前需全面收集证据，包括商标注册证明、侵权商品样本、销售记录、宣传材料、市场调查报告等，以证明行为同时构成商标侵权和不正当竞争。在诉讼请求中可明确要求“停止侵害商标权及不正当竞争行为”，并分别列明赔偿依据（如商标侵权部分按侵权获利计算，不正当竞争部分按实际损失或法定赔偿计算），以最大限度维护权益。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。